1. Выбор белка
Поиск белков производился через advanced search по запросу (organism_id:309801) AND (reviewed:true). Из 119 найденных записей был выбран белок Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) за его важную роль в синтезе аминокислот и достаточно высокий annotation score (4/5).
2. Информация о белке
Database: Swiss-Prot
ID: ILVC_THERP
AC: B9KYS1
Version: 89
Name: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
TaxID: 309801
INSDC: CP001275
Length: 335
MW: 37018
Редуктоизомераза кетокислот (НАДФ-зависимая) – это фермент из класса оксидоредуктаз, катализирующий алкильную миграцию с последующим восстановлением (S)-2-ацетолактата до (R)-2,3-дигидрокси-3-изовалерата. Его существование предсказано на основании гомологии с другими белками.
3. Кластеры похожих белков
ID: UniRef100_B9KYS1
Size: 1
Length: 335
Name: Ketol-acid reductoisomerase (NAD(P)(+))
ID: UniRef90_B9KYS1
Size: 7
Length: 335
Name: Ketol-acid reductoisomerase (NAD(P)(+))
ID: UniRef50_A4YI15
Size: 894
Length: 335
Name: Ketol-acid reductoisomerase (NAD(P)(+))
UniRef100 содержит 1 белок, UniRef90 – 7, UniRef50 – 894. Увеличение размера кластера с 7 белков в UniRef90 до 894 в UniRef50 свидетельствует об умеренной консервативности последовательности, так как при снижении порога идентичности в кластер попадает значительно больше гомологов. Длина репрезентативного белка во всех 3 кластерах одинакова (335 аминокислотных остатков).
4. Поисковые запросы
4.1. Оценка распространенности схожих ферментов у других термофилов
По запросу (protein_name:"ketol-acid reductoisomerase") AND (organism_name:thermo*) были найдены 42 белка с ANNSCO не ниже 4, что свидетельствует о распространенности схожих метаболических ферментов в других группах термофильных микроорганизмов.
4.2. Оценка распространенности схожих ферментов у мезофиллов
По запросу (protein_name:"ketol-acid reductoisomerase") NOT (organism_name:thermo*) найдено 1370 записей с annotation score не ниже 4. Это значительно больше, чем для термофилов (42), что может объясняться как более широкой распространённостью фермента среди мезофилов, так и тем, что мезофильные организмы в целом лучше изучены и представлены в базе данных.
4.3. Анализ экспериментальной изученности схожих ферментов
Сравнение результатов запросов (protein_name:"ketol-acid reductoisomerase") и (protein_name:"ketol-acid reductoisomerase") AND (existence:1) показывает, что из более чем 26000 записей в UniProt существование на уровне протеома доказано лишь для 44 записей. Это указывает на то, что большинство записей являются предсказанными по геномным данным.