Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
#	имена атомов	длина связи (nm)	угол n-h-o ()
				альфа-спирали
1	o(37gly) - n(41lys)	0.296	171.6
2	o(39cys) - n(43arg)	0.296	159.2
3	o(42ser) - n(46phe)	0.28	164.9
4	o(40leu) - n(44glu)	0.319	157.3
бета-тяжи
1	o(284ser) - n(292ser)	0.288	153.6
2	o(296leu)- n(280gly)	0.295	163.1
3	o(280gly) - n(296leu)	0.275	166.9
4	o(292ser) - n(284ser)	0.278	150.8

Вывод

Среднее значение длины водородной связи в альфа-цепи составляет 0,298, в бета-листе 0,284. Ожидаемое среднее значение (1) для альфа цепи - 2,99 нм, для бета-листа 2,91. Таким образом, длина альфа цепи почти совпадает с идеальным значение (разница 0,01 нм). А вот в бетта-листе разница значительнее - 0,575 нм. Скорее всего, если исследовать больше длин водородных связей в бета-тяже среднее значение приблизится к ожидаемому.

По данным исследования в альфа спирали среднее значение угла n-h-o 163,25 градусов, в бета-листе 158,6. Ожидаемые значения - 155 и 160 градусов соотвественно. Для альфа-спирали у меня на примерно на 8 градусов больше, для бета-листа - на 2 меньше.

Литература

Baker, E. N., & Hubbard, R. E. Hydrogen bonding in globular proteins. Progress in Biophysics and Molecular BiologyProg Biophys Mol Biol . 1984; 44(2):97-179. doi: 10.1016/0079-6107(84)90007-5.