Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трех пар белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Carbohydrate diacid regulator	CDAR_ECOLI	CDAR_BACSU	15.0	0.9	1.7	97.6%	828
Cytidine deaminase	CDD_ECOLI	CDD_BACSU	101.0	13.9	20.5	58.1	175
Phosphatidate cytidylyltransferase	CDSA_ECOLI	CDSA_BACSU	358.3	32.3	51.9	13.5	39

Из глобального вравнивания можно сделать вывод, то белки CDAR_ECOLI и CDAR_BACSU негомологичны.

Таблица 2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Carbohydrate diacid regulator	CDAR_ECOLI	CDAR_BACSU	38.0	17.9%	40.6%	25.9%	61	48.1%	38.1%
Cytidine deaminase	CDD_ECOLI	CDD_BACSU	108.0	32.6%	47.7%	9.5%	11	36.4%	83.9%
Phosphatidate cytidylyltransferase	CDSA_ECOLI	CDSA_BACSU	362.5	33.0%	52.9%	12.4%	30	98.6%	98.5%

Таблица 3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Protein Name 1	Protein Name 2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Глобальное выравнивание
50S ribosomal subunit assembly factor BipA	Carbohydrate diacid regulator	BIPA_ECOLI	CDAR_BACSU	67.0	11.9%	20.5%	60.3%	412	-	-
Локальное выравнивание
50S ribosomal subunit assembly factor BipA	Carbohydrate diacid regulator	BIPA_ECOLI	CDAR_BACSU	79.0	19.8%	32.9%	37.2%	148	57.5%	74.3%

Белки очень разные по функциям: у них разные активные центры, поэтому очевидно, что выравнивание получилось с такими низкими характеристиками. Локальное выравнивани прошло лучше (выше показатели,ниже инделы), но все равно по такому выравниванию можно сказать, что белки не гомологичны и не родственны.

4. Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Нашлось 123 белка с мнемоникой CDD. Выравнивание я делала с помощью командной строки командой muscle.

Я выбрала следующие:

CDD _BACSU - Bacillus subtilis

CDD_ECOLI - Escherichia coli

CDD_HAES1 - Haemophilus somnus

CDD_SALHS - Salmonella heidelberg

CDD_YEAST - Saccharomyces cerevisiae

CDD_SHEAM - Shewanella amazonensis

CDD_SHIFL - Shigella flexneri

Белки хорошо выравнялись, они гомологичны. Выравненные последовательности можно разделить в две большие группы: 1) CDD_SHEAM, CDD_HAES1, CDD_ECOLI, CDD_SHIFL, CDD_SALHS; 2) CDD _BACSU, CDD_YEAST. Первую группу отличает наличие сильно сходных последовательностей после 197 столбца.

Есть высоко консервативные участки для всех орагнизмов: стобцы 112-113, 116,145-147,149-151, 155-156, 182-183, 185-186.

Но все у орагнизмов из первой группы общих участков между собой больше: например, 110-125, полностью сходный 145-156, а большая часть области после той 191 позиции: 249-257 и другие.

В первой группе можно выделить подругуппу, объединяющую CDD_ECOLI, CDD_SHIFL, CDD_SALHS. Гомологию этих последовательностей можно заметить на протяжении всей последовательности, различия между ними реже, чем между другими последовательностями. участках.

Здесь выравнивание jalview