Программа BLAST

1. Поиск гомологов белка в Swissprot

Параметры BLAST:

Query, ID F9USS9.1
Program BLASTP
Database UniprotKB/Swiss-Prot(swissprot)
Max target sequences 100
Expected threshold 0.05
Word size 6
Max matches in a query range 0
Matrix BLOSUM62
Gap counts Existence: 11 Extension: 1
Conditional adjustments Conditional compositional score matrix adjustment

Текстовая выдача BLAST

BLAST выдает только 2 находки по моему белку, одна из которых - и есть запрашиваемый белок. Изменение настроек и чувствительности в пределах разумной значимости - не увеличило число находок.

Выравнивание показало, что белки скорее всего гомологичны, так как нет даже гэпов.

Посмотреть выравнивание.

2. Найдите в Swissprot гомологи зрелого вирусного белка, вырезанного из полипротеина

Protein Name Polyprotein P1234
ID POLN_SINDV
AC P03317
Virus Sindbis virus (SINV)

Был выбран белок полипротеина: Protease nsP2 (координаты: 541..1347)

Исследуемый белок

Я взяла первые 6 результатов выдачи BLAST по исследуемому белку. Cделала множественное выравнивание, белки гомологичные.

Выравнивание

Исследование зависимости E-value от объёма банка

Сравним запросы с фильтром, ограничив поиск только вирусами, и без него. Например, для находки для организма Tobacco mild green mosaic virus значения изменились с 6e-06 (без фильтра) на 4e-07 (с фильтром). Значение E-value прямо пропорционально размеру баз данных (по формуле для расчета E-value). Поэтому размер базы данных вирусов в 15 раз меньше, чем общей баз данных.

Моя почта

Пишите письма сюда сюда или сюда