Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1. Модели структур A-, B- и Z-формы ДНК

Задание 2. Большие и малые борозки

В структуре В-ДНК я выбрала аденозин 5.

Большая бороздка: a5.c6, a5.n6, a5.c5, a5.n7

Малая бороздка:a5.c2,a5.n3,a5.c4,a5.n9,

Задание 3.

	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали	правая	правая	левая
Шаг спирали (Å)	28.03	33.75	43.56
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки (Å)	7.98([DA]10:A.P-[DG]25:B.P)	17.21([DC]8:A.P-[DA]30:B.P)	8.68 ([DG]67:B.P - [DG]19:A.P)
Ширина малой бороздки (Å)	16.81 ([DA]10:A.P-[DG]33:B.P)	11.69 ([DC]8:A.P-[DG]37:B.P)	16.08 ([DC]68:B.P - [DC]12:A.P)

тРНК для исследования: Серин-тРНК синтетаза из Thermus thermophilus со структурой тРНК (1ser).

Структура водородных связей между основаниями (координаты стеблей).

Стебли(stems) вторичной структуры: ((4-7,59-53;69-61), (54;58), (55;18), (10-15;25-23,9-8,48),(19;56), (45-47;47Q, 47P, 47O),(47A;47N), (47B;47M), (47C;47L), (47D;47K).

Неканонические пары оснований в структуре тРНК

t-A

P-G

G-U

G-G

A-U (A: OP2 неканонично связан с O4:U)

G-C(G:N1 неканонично связан с O2:С)

Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие третичную структуру.

P-G

G-C(G:N1 неканонично связан с O2:С)

Перекрытия

В структуре тРНК посмотрела, как перекрываются осования между собой. Максимальное перекрытие (значение 13.16) G(53)t(54)/A(58)C(61) Минимальное перекрытие (значение 1.97) C(11)C(12)/G(23)G(24).