Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов
Программа einverted из пакета EMBOSS - поиск инвертированных участков в нуклеотидных последовательностях.
Задача: 1. найти все возможные комплементарные участки в последовательности исследуемой тРНК. 2. Сравните с их описанием, полученным ранее с помощью find_pair.
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 4 пары 5'-4-7-3', 5'-66-69-3' | 6 пар | 7 пар |
| D-стебель | 3 пары 5'-10-12-3', 5'-23-25-3' | 4 пары | 3 пары |
| T-стебель | 5 пар 5'-49-53-3' 5'-61-65-3' | - | 5 пар |
| Антикодоновый стебель | - | 6 пар | 6 пар |
| Дополнительная петля | 6 пар 5'-45-47(A...D)-3' 5'-47(K...P)-3' | 7 пар | 7 пар |
| Общее число канонических пар нуклеотидов(Å) | 18 пар | 23 пары | 28 пар |
Параметры команды Einverted: Gap penalty: 8, Minimum score threshold: 0, Match score: 3, Mismatch score: -4
Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Упражнение 1.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 13 | 14 |
| остатками фосфорной кислоты | 4 | 15 | 19 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 5 | 9 | 14 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Скрипт определения связей между полярными и неполярными атомами
Упражнение 3. Nucplot
визуализация связей ДНК и белка
Упражнение 4. Анализ изображения Nucplot
Аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК: Ala36 цепи А. Показано 4 контакта с ДНК.
аминокислотный остаток, по-вашему мнению, наиболее важный для распознавания последовательности ДНК - ARG61:B. На схеме показано, что он соединяется с ДНК четырежды. Два взаимодействия через воду (HOH103:C) и два напрямую с [DT]5:C. и [DT]15:В.
