Секвенирование по Сэнгеру

1. Получить последовательность ДНК на основании данных, полученных из капиллярного секвенатора. Составить отчёт о проблемах при чтении хроматограмм

Для практикума я использовала программу UGENE. В ней в разделе "секвенирование по Сенгру", мои последовательности не выравнивались, если я выбирала референсом прямое прочтение или консенсусную последовательность из выравнивания прямого и обратного. Такие же проблемы были в Pearl. Поэтому я решила через blast найти

референс

и оценить все вокруг него. Получилось. Я продолжила работу в UGENE.

Изменение 1. В чтении обратной последовательности нуклеотид в позиции 73 не был определен, поэтому я заменила его на нуклеотид из позиции прямого прочтения, к тому же пик G на обратном чтении также значим.

Изменение 2.Далее рядом наблюдалась проблемная зона. Здесь очевидно произошли ошибки при чтении прямой последовательностии - размазанные и перекрывающиеся пики. Поэтому, чтобы устранить неопредленности я заменила по обратной цепи.

Изменение 3. В этой позиции на прямом чтении пики были довольно сближены, поэтому определить нуклеотид не удалось. Но на обратном чтении - однозачный пик G, поэтому и в прямой заменяю на G.

Изменение 4. Похожая на 3 ситуацию и здесь. Заменяю на С.

Длины начального и конечного трудно читаемых участков для прямого и обратного прочтений:

Начального: прямая цепь: 1-51, обратная цепь: 1-38

Конечного: прямая цепь: 378-383, обратная цепь: 382-383

Шум в среднем несильный, но на концах хроматограммы сложно определить последовательность. В середине последовательности 2-3 участка разрешимых неявных пиков.

2. Приведите пример нечитаемого фрагмента хроматограммы

Пример взят из обратного чтения моих последовательностей. Здесь смазаны пики и сложно четко выделить нуклеотиды