Предложенный мне список: ALDH1L1, ALDH1L2, AMT, DHFR, DHFR2, DLD, FPGS, FTCD, GCSH, GGH, GLDC, GPHN, MOCS1, MOCS2, MTHFD1, MTHFD1L, MTHFD2, MTHFD2L, MTHFR, MTHFS, PRPF31, QDPR
Из него я выбрала ген AMT и проанализировала его экспрессию с помощью Human Protein Atlas.
Кодирует Аминометилтрансферазу
Экспрессируется в печени, участвует в липидном обмене.
Чаще встречается в гепатоцитах, проксимальных энтероцитах, недифференцированных клетках.
Внутриклеточный белок
Расположен в митохондриях и в нуклеоплазме.
Белковая функция: Система расщепления глицина катализирует расщепление глицина.
Ген кодирует один из четырех критических компонентов системы расщепления глицина. Мутации в этом гене связаны с глициновой энцефалопатией. Для этого гена было обнаружено несколько вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы.
На графике отражена экспрессия белка в разных типах тканей. Этот график, как мне кажется, малоинформативен, так как выявить какую-то особую специфичность белка не получается, но можно сказать, в каких типах тканей белок точно малопредставлен - гиппокампус, яичники, грудные ткани, жировые и другие.
График отражает экспрессию РНК в типах тканей. По анализу РНК-экспрессии можно сказать, что чаще ген эксперсируется в печени. По данным о белке (график выше) это тоже можно сказать. Но интересно, что если посмотреть на экспрессию белка в яичниках, то показано, что она на среднем уровне, в то время как РНК экспрессируется больше, чем для тех тканей, в которых по белку показана высокая экспрессия. Интересный результат.
Здесь показаны средние значения образцов из каждой ткани из датасета HPA. Результат согласуется с прошлым.
По анализу экспресси генов CAGE, созданного в рамках проекта FANTOM5, лидирующей тканью по эксресси РНК стала ткань мышцы сердца, а не печень.
Тепловая карта показывает экспрессию выбранного в данный момент гена (вверху) и хорошо известные маркеры клеточного типа в кластерах различных типов отдельных клеток этой ткани.
Панель слева показывает, с каким типом ячеек связан каждый маркер. Цветовое кодирование основано на группах типов клеток, каждая из которых состоит из типов клеток с общими функциональными характеристиками.
По этому графику также подтвержатся, что гены печени и исследуемый ген коэспрессируются, хотя корреляция не очень сильная.
На этом графике показан показатель обогащения выбранного гена во всех не коровых типах клеток в ткани, что позволяет сравнивать разные типы клеток в разных тканях. Увеличенный символ указывает на классификацию гена как типа клеток, обогащенного соответствующим типом клеток.
Показано, что АМТ имеет прогностическое значение, высокая экспрессия благоприятна при раке почки.
По графику видно, что как и низкая, так и высокая экспрессия гена, уменьшаясь с возрастом, приводит к тому, что снижается выживаемость. По горизонтальной оси - время после постановки диагноза, по вертикальной - вероятность выжить.
Включен в метаболизм фолиевой кислоты, а также метаболизм глицина, серина и треонина.
В каждой ячейке графика показана корреляция между экспрессией данного гена в данной ткани. Чем темнее ячейка, тем больше ассоциация между геном и типом ткани. По вертикальной оси указаны гены маркеры и наш ген AMR. По хитмапу не видно особо сильно корреляции между типой тканей и наличием AMT. Видимо, он не основной участник для метаболизма фолиевой кислоты. Хороший уровень корреляции для него показан в интересующих (потому что другие анализы показали большую экспрессию гена именно в этих типах тканей) нас тканях - печень, сердце, почки, но также и в других.
Как мне кажется, тоже самое и для второго метаболического пути.