Первый Семестр

Изображение области связывания ATG с DPO3X_ECOLI

На рисунке желтый шарик-молекула воды; красные, фиолетовые шарики- кислород и азот соответственно, взаимодействующие с лигандом, зеленый пунктир-водородные связи.

• Список аминокислот, взаимодействующих с ATG(эти аминокислоты первые кандидаты для мутагенеза):
  Водородные связи с Atg:
  ATG801.O3__ALA7.O (2, 83)
  ATG801.O2__ALA7.O (2, 82)
  ATG801.O2G__ARG215.NE (2, 45)
  ATG801.O2G__ARG47.NH1 (2, 59)
  ATG801.O1A__SER.OG (2, 75)
  ATG801.O1A__SER.N (2, 82)
  ATG801.N6__VAL19.O (2, 84)
  ATG801.N6__GLY50.O (3, 01)
  ATG801.N1__VAL19.N (2, 65)
  ATG801.O1B__THR52.N (2, 97)
  ATG801.O1B__THR52.OG (2, 71)
  ATG801.S3__ LYS51.NZ (2, 80)
  ATG801.O2B__THR52.N (2, 97)
  ATG801.O2B__VAL49.N (3, 18)
  ATG801.O2B__GLY50.N (3, 1)
  ATG801.O2B__VAL49.NZ (3, 18)
  ATG801.O3B__GLY48.N (3, 07)
  Водяные мостики:
  ATG801.O2_ H2O _CLN186A.NE
  ATG801.N3_ H2O _CLN186A.NE
  Гидрофобное взаимодействие Atg возможно с аминокислотными остатками:
  VAL19, (CB, CG1, CG2)
  VAL18, (CB, CG1, CG2)
  VAL49, (CB, CG1, CG2)
  LYS51, (CB, CD, CG)
  TRP10, (CB, СG, CD2, CE3, CZ3, CH2, CZ2)
  GLY48, (CB, CG)
  GLY50, (CB, CG)
  ALA7, (CB)
  LEU214, (CB, CD1, CD2, CG)
  LEU218, (CB, CD, CD2, CG)
  THR52, (CG2)
  THR157 (CG2)
  
• возможные замены аминокислотных остатков белка, которые могут привести к потере способности связывания исследуемого белка с лигандом Рассмотрим аминокислоту THR52, у которой расстояние между взаимодействующими с лигандом атомами =2, 71 =2, 8 =2,97 таким образом он образует 3 водородных связи., т.к. он является гидрофобной аминокислотой, он образует гидрофобное взаимодейстие Следовательно, аминокислотный остаток является одним из определяющих для связи с лигандом. Замена его на аминокислотный остаток с отличными химическими свойствами может привести к потере способности связывания исследуемого белка с лигандом. Если остаток образует водородную связь с молекулой , то, вероятно, его замена на неполярный (гидрофобный) остаток повлияет на способность белка связываться с цепью А, а замена на другой полярный - может и не повлиять. Треонин является полярной аминокислотой,у него есть -ОН группа, которая может быть и донором и акцептором протона. Замена его на Pro аминокислоту повлечет значительно повлияет на связь с лигандом, т.к. она не полярна и не гидрофобна. Замена аминокислотного остатка белка, контактирующего с лигандом, но тем не менее, предположительно, мало влияющая на способность связывания с лигандом: SER, т.к. у него тоже есть -ОН группа , размер боковой группы отличается не существенно, мы теряем только гидрофобное взаимодействие.