Выравнивание вручную

В 2-х созданных файлах содержатся выравнивания белка DPO3X_ECOLI.
1) Файл first_aln.txt - это выравнивание моего белка с его искусственно полученным гомологом, сделанное вручную. Я посчитала его "вес" по формуле: количество совпавших аминокислот -количество несовпавших-количество гэпов. Это значение равно 4.
first_aln.txt
2) Файл second_aln.msb содержит выравнивание DPO3X_ECOLI с его гомологом DPO3X_SALTY. Это выравнивание сделано с помощью программы GeneDoc. Выяснили, что эти гомологи очень близки, достаточно вставить 7 гэпов.(пары совпадающих аминокислотных остатков на красном фоне, внизу консенсусная последовательность)
second_aln.msf