Второй семестр.

Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART

  1. В базе данных SMART получила изображение доменной структуры моего белка. Получила эталонное выравнивание доменов, гомологичных выбранному.
  2. Вырезала из эталонного выравнивания с помощью GeneDoc фрагмент для дальнейшего детального исследования.

    3. Фрагмент эталонного выравнивания


                                                                                                                                           
                                                *                 2 0                   *                 4 0                   *          
    P S M R _ A R C F U   :   E K A P S I I F I D E L D A I A A R R T N S D T S G D R E V Q R T - - M M Q L L A E L D G F D P R G   :   4 8
    T E R A 1 _ C A E E   :   K N Q P A I L F I D E I D A I A P K R E K T N G E V E R R I V - - - - - S Q L L T L M D G V K G R S   :   4 5
    V P S 4 _ S C H P O   :   E Q K P S I I F I D E I D S L C G S R S E G E S E S S R R I K T - - - - E F L V Q M N G V G K D E S   :   4 6
    F T S H 3 _ S Y N Y   :   K Q A P C I V F I D E L D A I G K S R A S G A F M G G N D E R E Q T L N Q L L T E M D G F S A A G A   :   5 0
    R I X 7 _ Y E A S T   :   S L A P C L V F F D E I D A I T P K R D G G A Q R E M E R R I V A Q L L T S M D E L T M E K T N G K   :   5 0
                                    P   6 6 F i D E 6 D a 6       R                                       6                                
  3. По идентификаторам UniProt этих аминокислотных последовательностей получила с помощью SRS полные последовательности в формате Fasta.
  4. При помощи программы emma пакета EMBOSS импортировала выравнивание в GeneDoc. Построила программой ClustalW множественное выравнивание последовательностей.

    Множественное выравнивание

                                                                                                                                                       
                                  2 8 0                   *               3 0 0                   *               3 2 0                   *            
    P S M R _ A R C F U   :   V V G S E F V Q K Y I G E G A R L V R E V F Q L A K E K A P S I I F I D E L D A I A A R R T N - S D T S G D R   :   2 5 9
    T E R A 1 _ C A E E   :   I N G P E V M S K M S G E S E S N L R K A F E E C E K N Q P A I L F I D E I D A I A P K R E K - T N G E V E R   :   3 2 8
    V P S 4 _ S C H P O   :   I S S S D L V S K W M G E S E R L V R Q L F E M A R E Q K P S I I F I D E I D S L C G S R S E - - - - G E S E   :   2 4 3
    F T S H 3 _ S Y N Y   :   I S G S E F V E L F V G A G A A R V R D L F E Q A K K Q A P C I V F I D E L D A I G K S R A S G A F M G G N D   :   2 9 2
    R I X 7 _ Y E A S T   :   I S A P S V V S G M S G E S E K K I R D L F D E A R S L A P C L V F F D E I D A I T P K R D G G A Q R E M E R   :   3 2 4
                              i           v         G e           R     F     a         P   i   F i D E   D a i       R                                
                                                                                                           
                                            3 4 0                   *               3 6 0                  
    P S M R _ A R C F U   :   E V Q R T M M Q L L A E L D G F D P R G D - V K V I G A T N R I D   :   2 9 1
    T E R A 1 _ C A E E   :   R I V S Q L L T L M D G V K G R S N - - - - L V V I A A T N R P N   :   3 5 7
    V P S 4 _ S C H P O   :   S S R R I K T E F L V Q M N G V G K D E S G V L V L G A T N I P W   :   2 7 6
    F T S H 3 _ S Y N Y   :   E R E Q T L N Q L L T E M D G F S A A G A T V I V L A A T N R P E   :   3 2 5
    R I X 7 _ Y E A S T   :   R I V A Q L L T S M D E L T M E K T N G K P V I I I G A T N R P D   :   3 5 7
                                                          g               v   v     A T N r p              

  5. Сравнение полученных выравниваний.

    6.    – число колонок в эталоннром выравнивании = 50 ;
       – число совпавших колонок (аминокислотные остатки выделены бордовым) = 21 ;
       – процент идентичности 2-х фрагментов = 42% ;
       – в множественном выравнивании совпадения в 4-х последовательностях выделены зеленым цветом, в трех- розовам.

  6. Выводы.

    7. Все 5 белков имеют одинаковые функции. И эталонное выравнивание учитывает эти функции. Штраф за гэп в программе emma по умолчанию стоит выше, чем в программе, которая строила выравнивание из базы SMART. ClustalW учитывает и родство аминокислотных остатков.
    7. ©Лавыш Дарья