Второй семестр

Поиск по паттерну в банке Swiss-Prot.

1. С помощью программы blastp нашла в банке Swiss-Prot предпологаемые гомологи монго белка. Из них выбрала 4–5 наиболее вероятных ортологов (в первом приближении считала признаком ортологичности cовпадение названий белков из разных организмов), с процентом идентичности в диапазоне 40-80% , с E-value находки не хуже 0,001).
2. Получила файл с последовательностями моего белка и всех отобранных ортологов в формате FASTA.
3. С помощью программы muscle построила множественное выравнивание моего белка и его "ортологов". Импортировала его в GeneDoc. Выберала консервативный фрагмент выравнивания длиной 19 а.о. для дальнейшего исследования.
   Фрагмент, по которому создавались паттерны:

   *

   D

   P

   O

   3

   X

   _

   H

   A

   E

   I

   :

   V

   S

   G

   R

   K

   D

   L

   S

   N

   A

   P

   N

   R

   R

   I

   G

   A

   E

   M

   :

   1

   9

   D

   P

   O

   3

   X

   _

   B

   U

   C

   B

   :

   L

   L

   G

   K

   K

   E

   L

   H

   I

   A

   P

   D

   Q

   K

   I

   S

   I

   E

   M

   :

   1

   9

   D

   P

   O

   3

   X

   _

   E

   C

   O

   L

   :

   L

   I

   G

   R

   K

   E

   L

   P

   Y

   A

   P

   D

   R

   R

   M

   G

   V

   E

   M

   :

   1

   9

   D

   P

   O

   3

   X

   _

   B

   U

   C

   A

   :

   L

   N

   G

   R

   K

   E

   L

   K

   F

   A

   P

   S

   Q

   K

   I

   G

   V

   E

   M

   :

   1

   9

   D

   P

   O

   3

   X

   _

   B

   U

   C

   A

   :

   L

   K

   G

   R

   K

   E

   L

   F

   F

   S

   P

   N

   H

   K

   M

   G

   V

   E

   M

   :

   1

   9

   G

   K

   L

   P

   E

   M

4. Создала паттерны.
   Первый паттерн в точности является фрагментом последовательности моего белка.
   Второй ("сильный") паттерн построен так, чтобы он распознавал только все белки моей выборки.
   Третий ("слабый") паттерн создан на основе второго, сделав требования к последовательности более мягкими.
5. Провела поиск последовательностей банка Swiss-Prot, включающих мотивы, соответствующие каждому из полученных паттернов.

   Сравнение результатов поиска последовательностей по разным паттернам.

   Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
   Фрагмент последовательности	LIGRKELPYAPDRRMGVEM	1	Найдена только последовательность моего белка (DPO3X_ECOLI)
   Сильный	[LV]-[ISLNK]-G-[RK]-K-[ED]-L-[PSKFH]-[YINF]-[AS]-P-[NSD]-[RQH]-[RK]-[MI]-[GS]-[VAI]-E-M	5	Найдены все последовательности из моего выравнивания
   Слабый	{IAKRM}-[ISLNK]-G-X-K-{NQ}-L-[PSKFH]-X-[AS]-P-[NSD]-X-[RK]-[MI]-[GS]-[VAI]-E-M	6	Найдены все последовательности из моего выравнивания

   ---

   ©Лавыш Дарья