Второй семестр

Работа с базой данных InterPro.

  1. На главной страничке InterPro провела поиск документов по AC моего белка.
  2. Из списка полученных записей выбрала ту, которая содержит наибольшее количество подписей Signatures
  3. D запись вложены записи IPR003959 AAA ATPase, central region. IPR013093 ATPase AAA-2 и
  4. Данная подпись находится в отношениях родства с IPR013461 ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit clpA.

    Все подписи в моем белке, собранные в БД InterPro.



    Название подписи
    Положение в последовательности DPO3X_ECOLI
    Полное название базы данных
    Название организации, поддерживающей данную БД.
    Город и страна
    RFC
    150-229
    PROSITE
    Swiss Institute of Bioinformatics
    Швейцария, Женева
    CLPPROTEASEA
    41-59; 124-142
    PRINTS
    Manchester University
    США, Манчестер.
    AAA
    37-178
    SMART
    AAA
    40-230
    Pfam
    1. Sanger institute

    2. Washington University

    3. Karolinska Institutet
    4. Institut National de la Recherche Agronomique
    5. Korean Institute of Science and Technology Information
    1. Великобритания, Кэмбридж.
    2. США, Сент-Луис.
    3. Швеция, Стокгольм.
    4. Франция, Париж.
    5. Южная Корея, Сеул.
    Pol_clamp_load_C
    245-368
    SuperFamily
    1. MRC Laboratory of Molecular Biology
      European Bioinformatics Institute
    2. Stanford University
    1. Великобритания, Кэмбридж и Хинкстон.
    2. Стенфорд, США.
    dnaX_nterm
    3-357
    TIGRFAM
    The Institute for Genomic Research
    Роквиль, США.

    ©Лавыш Дарья