Третий семестр

Банк EMBL

Сравнение разных записей в EMBL

В документе SwissProt, описывающем белок DPO3X_ECOLI, нашла все ссылки на банк EMBL. C помощью SRS получила информацию, необходимую для заполнения таблицы.

Идентификатор записи EMBL	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Дата создания документа	Описание	Длина последовательности
U00096	геномная ДНК	STD (стандартный)	PRO (прокариоты)	23.12.2006	Escherichia coli K12 MG1655, полный геном.	4639675
M38777	геномная ДНК	STD	PRO	23.09.1990	E.coli район генов apt-adk.	6820
U82664	геномная ДНК	STD	PRO	19.01.1997	Часть генома Escherichia coli с 9 по 11 минуты.	139818
X04275	геномная ДНК	STD	PRO	09.03.1987	E. coli днкZX репликационный ген	2218
X04487	геномная ДНК	STD	PRO	07.06.1987	E.coli днкZX ген для ДНК полимеразы III субьединиц gamma (dnaZ) и tau (dnaX)	2775

Сравниение характеристик разных записей: Длина последовательности с AC U00096 самая большая, последовательность - полный геномом Escherichia coli K12 MG1655, поэтому дата создания документа самая поздняя. Меньше длина у последовательности с 9 до 11 минуты с AC U82664, последовательность включает несколько генов, документ создан раньше. Запись с AC M38777 содержит район генов apt-adk, длина последовательности меньше, создан документ еще раньше. . Запись с AC содержит ген, кодирующий ДНК полимеразу III субьединиц gamma (dnaZ) и tau (dnaX), последовательность довольно короткая, дакумент создан раньше предыдущих. Запись с AC X04275 содержит ген, необходимый для репликации днкZX, длина последовательности самая маленькая.

Сравнение описания.

Выберала 2 записи для дальнейшего изучения. Выполняя команду entret embl:ID -auto получила 2 записи EMBL, в этих документах содержатся описания последовательности, кодирующей мой белок. Изучила документы и заполнила таблицу:

Последовательности, кодирующие белок DPO3X_ECOLI в двух записях банка EMBL

	I	II
ID записи	M38777	X04275
Начало гена в записи	870	142
Конец гена в записи	2801	2073
Направление гена	прямое	прямое
Примечания	Гамма субъединица ДНК полимеразы III холофермент Escherichia coli производится с рибосомиальной рамки считывания.	Ген кодирует 2 белка с разными молекулярными весами: белок X (Mw 75000-83000 d) и белок Z (Mw 52000-56500 d), эти белки являются субъединицами tau(X) и gamma(Z) ДНК полимеразы III.

Извлекла из полученных записей нуклеотидные последовательности, кодирующие мой белок, в виде файлов gen1.fasta и gen2.fasta. Cравнила данные последовательности, построив их глобальное выравнивани с помощью needle. Последовательности совпадают на 100%.


Знакомство с записью гена из эукариотического генома

Изучила документ EMBL с идентификационным номером BA000025.


• Схематичное изображение структуры транслируемых участков гена HLA-F.

  Ген на комплементарной цепи

      <--[2216590..2216653]--...--[2213710..2213714]---
  

• Общее число экзонов в гене равно 8-ми.
• Длина самого длинного интрона 1133 н.о. Длина самого короткого интрона 215 н.о.
• В гене 2 самых длинных экзона, длиной 275 н.о. Длина самого короткого экзона 4 н.о.