Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями

Создание индексных файлов для работы с локальными версиями программ семейства BLAST Создала в своей рабочей директории индексные файлы пакета BLAST для поиска по геномам холерного вибриона (Vibrio cholerae), синегнойной палочки (Pseudomonas aeruginosa), бактерии Pasteurella multocida. Команда:

 formatdb -i **_genome.fasta -p F -n pa

Поиск в неаннотированном геноме генов, кодирующих белки, похожие на заданный

Определила, не закодированы ли похожие белки в неаннотированном геноме другого организма

По результатам поиска заполнила таблицу.

Поиск гомологов DPO3X_Ecoli		Геном синегнойной палочки (Pseudomonas aeruginosa)	Геном холерного вибриона (Vibrio cholerae)	Геном бактерии Pasteurella multocida
Характеристика лучшей находки:
	E-value находки	e-132	e-163	e-138
	координаты выравнивания(-ий) в записи генома	10717-12658	1341-3306	10000-11068
AC соответствующей записи EMBL		AE004581	AE004187	AE006072
	Координаты CDS в записи EMBL	нет данных	1341..3419	10000..12144
	AC UniProt в записи EMBL	нет данных	Q9KT51	Q9CNR3
Число находок с Е-value<0,01		3	4	4
Поиск по всем трем геномам:
E-value лучшей находки		e-163
число находок с E-value < 0,01		10

Таким образом были найдены похожие белки в неаннотированном геноме другого организма (число находок с Е-value<0,01), причем во всех геномах-9 находок, и в случае поиска по трем генома-10 находок. Можно говорить о 10 находках, т.к. они совпадают с выдачей при поиске по всем геномам.

Аналогичный поиск сразу в нескольких геномах

Создала в своей директории индексные файлы BLAST для поиска по всем трем геномам сразу. С помощью программы провела поиск по трем геномам. Результаты в последних 2-х строках таблицы. Число находок с E-value < 0,01 увеличилось. E-value лучшей находки не изменился.

Поиск гомологов с помощью программы BLASTN

Скоровала в свою рабочую директорию fasta-файл с гeном моего белка. Нашла (с помощью индексных файлов для 3-х геномов) гомологов этого гена в трёх геномах программой BLASTN. E-value лучшей находки 2e-36. Соответствующее выравнивание:

>embl|AE004187|AE004187 Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
            chromosome I, section 95 of 251 of the complete
            chromosome.
          Length = 10172

Query: 175  gcgaaggggctaaactgcgaaaccggcattaccgcgacgccgtgcggcgtgtgcgataac 234
            ||||||||||| |||||||| || ||||| || || ||||| ||||||  ||| |  | |
Sbjct: 1515 gcgaaggggctcaactgcgagacgggcataacggctacgccttgcggccagtgtgcaacc 1574

                                                                        
Query: 235  tgtcgtgaaatcgagcaggggcgctttgtcgatctgattgaaatcgacgccgcctcgcgc 294
            ||||  ||||| || ||||| |||||||| |||||| | || || ||||| || || |||
Sbjct: 1575 tgtcaagaaattgatcagggacgctttgtggatctgctcgagattgacgctgcatcacgc 1634

                                                                        
Query: 295  accaaagttgaagatacccgcgacctgctggataacgtccagtacgctccggcgcgtggt 354
            |||||||| |||||||| ||||| || || || ||||| ||||||   || |||||||| 
Sbjct: 1635 accaaagtggaagatacgcgcgagctactcgacaacgtgcagtacaaacctgcgcgtgga 1694

                                                                        
Query: 355  cgtttcaaagtttatctgatcgacgaagtgcatatgctgtcgcgccacagctttaacgca 414
            || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || || 
Sbjct: 1695 cgcttcaaagtttacctgatcgatgaagttcatatgctctcgcgtcacagcttcaatgcg 1754

                                                                        
Query: 415  ctgttaaaaacccttgaagagccgccggagcacgttaagtttctgctggcgacgaccgat 474
            ||  | ||||| |||||||||||||| ||| | || |||||| ||||||| || || |||
Sbjct: 1755 ctactgaaaacgcttgaagagccgcctgagtatgtgaagtttttgctggcaaccactgat 1814

                                                                 
Query: 475  ccacagaaattgccggtgacgattttgtcacgctgtctgcaatttcatctcaa 527
            ||||| ||  |||| ||||| || ||||| |||||| |||| || ||||||||
Sbjct: 1815 ccacaaaagctgcctgtgaccatcttgtctcgctgtttgcagttccatctcaa 1867

Идентичность выравнивания не велика, однако само выравнивание имеет довольно большую длинну, есть много, хотя и коротких участков полных совпадений. E-value довольно мало, наверное, можно считать, что гомолог найден.