Третий семестр

Банк EMBL

  1. Определение тРНК была, использованной рибосомой при присоединении 4-ого аминокислотного остатка к растущей цепи мого белка.

    2. Таблица 1. Выбор т-РНК

     Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка DPO3X_ECOLI Q (Глутамин)
      Соответствующий кодон в гене dnaX 5'-CAG-3'
      Идеальный антикодон 5'-CUG-3'
      Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка Q, если опираться на генетический код? 2
      Сколько разных тРНК для остатка Q аннотировано в геноме кишечной палочки? 2 тРНК, 4 гена
      Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
          имя гена glnW
          локализация гена в геноме в комплементарной цепи(695979..696053)
          распознаваемый кодон CAR
          антикодон UUG

    Результат поиска всех глютаминовых тРНК у Escherichia coli K-12

            15971:FT                   /note="codon recognized: CAG; anticodon: CUG glutamine
        15983:FT                   /note="codon recognized: CAG; anticodon: CUG glutamine
        16008:FT                   /note="codons recognized: CAR; anticodon: UUG glutamine
        16021:FT                   /note="codons recognized: CAR; anticodon: UUG glutamine

    Комментарии:

    Для определения количества разных тРНК, используемых E.coli для глютамина, в геноме кишечной палочки, выполняем командой 
    1.grep codon.*glutamine ecoli.embl >codon.txt 

2.seqret ecoli.embl -sask
    Результат: список с 4-мя находками, являющиеся аннотациями 4 различных генов, кодирующих tRNA для глютамина с кодоном (CAG или CAR). Потом была выбрана нужная тРНК и ее последовательность получена из полного генома c помощью seqret -sask.

  2. Поиск гомологичных тРНК в родственном геноме

    3. Задача - найти в геноме Bacillus subtilis последовательность, наиболее похожую на последовательность тРНК из E.coli, выбранную в упр. 1. AC Z99106

    Таблица 2. Поиск гомологичной т-РНК

    Программа FASTA BLASTN MegaBLAST discontiguous MegaBLAST
    Длина якоря 6 11 28 11
    Результаты поиска     Ничего не найдено  
    Число находок с E-value < 0,01 0 3   0
    Характеристика лучшей находки:
          E-value 0.31 0.003   49
          длина выравнивания 60 30   11
          вес выравнивания 26.8 bits 36.2 bits   22.3 bits
          координаты в геноме 14975-15004 138245-138274   158308-158298
    Аннотация лучшей находки по записи EMBL:
          имя гена yaaC trnD-Gln    
          это тРНК? нет да    
          это тоже глютаминовая тРНК? нет да    
    Для работы создаем индексные файлы к БД: 

    formatdb -i bs_genome.fasta -p F -n bs
    Для FASTA: 
    fasta34 res.fasta bs_genome.fasta 6
    Для BlastN: 
    blastall -p blastn -d bs -i res.fasta -o 1res.txt
    Для MegaBlast: 
    megablast -d bs -i res.fasta -D 2 -o megbl.txt
    Для discontiguous MegaBlast: 
    megablast -d bs -i res.fasta -D 2 -W 11 -t 21 -N 1 -o dicmegbl.txt

    Сравние эффективности разных программ.

    Программа MegaBLAST не нашла ничего, у этой программы маленькая чувствительность. Программа FASTA не нашла тРНК. Возможно это произошло из-за того, что эта программа работает без индексных файлов. Программа BLASTN дала хорошие результаты.
©Лавыш Дарья