Третий семестр

A- и B-формы ДНК.

  1. С помощью программы fiber пакета 3DNA пострила A- и B-форму дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого - 4 раза повторенная последовательность "gatc".
     
  2. Открыла полученные файлы в RasMol. Измерила:
     A-формаB-формаФайл dna23.pdb
    Тип спирали (правая или левая) праваяправаяправая
    Шаг спирали (Å) 28.0233.7533.16
    Число оснований на виток 111010
    Ширина большой бороздки 7.985 (G5A.P-A22B.P)17.216 (A6A.P-G24B.P) 16.456 (G12B.P-C17A.P
    Ширина малой бороздки 16.809 (A14A.P-G21B.P)11.693 (A10A-T27B.P) 11.959 (U6A.P-G12B.P)

     
  3. Скопировала из архива P:\y05\Term3\3DNA\DNAs.zip файл dna23.pdb.
  4. С помощью программы find_pair и analyze провела анализ структур ДНК. Значения конформационно важных торсионых углов: α, β, γ, δ, ε, ζ, χ:
    Из файла gta_b.out 
    Main chain and chi torsion angles: 

Note: alpha:   O3'(i-1)-P-O5'-C5'
      beta:    P-O5'-C5'-C4'
      gamma:   O5'-C5'-C4'-C3'
      delta:   C5'-C4'-C3'-O3'
      epsilon: C4'-C3'-O3'-P(i+1)
      zeta:    C3'-O3'-P(i+1)-O5'(i+1)

      chi for pyrimidines(Y): O4'-C1'-N1-C2
          chi for purines(R): O4'-C1'-N9-C4

Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 G     ---    174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2
   2 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   3 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   4 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   5 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   6 A    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2
   7 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   8 C    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.0  -157.2
   9 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  10 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  11 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  12 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.7   -75.1  -157.2
  13 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  14 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  15 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  16 C    -51.7   174.8    41.7    79.1    ---     ---   -157.2

Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C    -51.7   174.8    41.7    79.0    ---     ---   -157.2
   2 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   3 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   4 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   5 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   6 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   7 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   8 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   9 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  10 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  11 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  12 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  13 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  14 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  15 A    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2
  16 G     ---    174.8    41.7    79.1  -147.7   -75.1  -157.2
    Из файла gta_b.out 
    Main chain and chi torsion angles: 

Note: alpha:   O3'(i-1)-P-O5'-C5'
      beta:    P-O5'-C5'-C4'
      gamma:   O5'-C5'-C4'-C3'
      delta:   C5'-C4'-C3'-O3'
      epsilon: C4'-C3'-O3'-P(i+1)
      zeta:    C3'-O3'-P(i+1)-O5'(i+1)

      chi for pyrimidines(Y): O4'-C1'-N1-C2
          chi for purines(R): O4'-C1'-N9-C4

Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 G     ---    136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   2 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   3 T    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
   4 C    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   5 G    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   6 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   7 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   8 C    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
   9 G    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  10 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  11 T    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  12 C    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  13 G    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  14 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  15 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  16 C    -29.9   136.4    31.1   143.4    ---     ---    -98.0

Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C    -29.9   136.4    31.1   143.4    ---     ---    -98.0
   2 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   3 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   4 G    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   5 C    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   6 T    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   7 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   8 G    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   9 C    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
  10 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  11 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  12 G    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  13 C    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  14 T    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
  15 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  16 G     ---    136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
    Из файла dna23.out 
    Main chain and chi torsion angles: 

Note: alpha:   O3'(i-1)-P-O5'-C5'
      beta:    P-O5'-C5'-C4'
      gamma:   O5'-C5'-C4'-C3'
      delta:   C5'-C4'-C3'-O3'
      epsilon: C4'-C3'-O3'-P(i+1)
      zeta:    C3'-O3'-P(i+1)-O5'(i+1)

      chi for pyrimidines(Y): O4'-C1'-N1-C2
          chi for purines(R): O4'-C1'-N9-C4

Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C     ---     ---     62.1    82.1  -155.9   -66.2  -161.2
   2 U    -70.4  -166.0    42.4    82.9  -155.6   -67.6  -153.3
   3 U    -67.8   178.9    47.4    81.0  -160.4   -63.3  -154.5
   4 G    -64.1  -173.2    49.6    79.9  -166.4   -63.9  -156.0
   5 C    -74.3   179.8    54.3    82.9  -156.8   -68.7  -159.1
   6 U    -73.8  -176.5    50.0    79.3  -159.6   -60.9  -163.0
   7 G    -70.9  -167.3    48.0    78.2    ---     ---   -145.6
   8 G     ---   -150.8    48.9    79.9  -158.2   -64.4  -168.8
   9 G    -77.2  -164.6    54.1    82.1  -141.0   -72.7  -176.3
  10 U    -68.9   177.9    49.1    80.7  -166.1   -64.5  -159.0
  11 G    -77.7   177.8    55.3    80.7  -153.2   -77.6  -164.0
  12 C    -54.4   170.5    51.3    80.8  -168.8   -60.3  -151.3
  13 A    -77.0  -173.8    50.3    80.8  -153.8   -74.5  -162.6
  14 C    -56.7   169.7    51.2    77.7  -165.2   -61.3  -161.3
  15 A    -72.4  -174.7    53.8    83.2  -150.7   -66.1  -166.5
  16 C    -57.9   170.1    53.6    81.2  -155.6   -65.3  -155.8
  17 A    -70.0  -174.3    44.5    81.1  -162.7   -70.2  -147.9
  18 G    -61.6   173.6    51.9    77.8  -153.5   -67.8  -158.8
  19 C    -63.9   170.4    52.3    79.5  -154.6   -67.5  -150.5
  20 A    -66.8  -174.3    49.6    82.9  -166.6   -68.8  -148.9
  21 A    -78.0  -172.3    52.1    83.2  -166.1   -56.5  -150.3
  22 G    -77.7  -171.9    49.3    73.6    ---     ---   -143.6

Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 G    -59.5   172.3    56.8    75.2    ---     ---   -165.4
   2 A    -71.1   177.3    50.2    80.9  -160.1   -69.4  -161.4
   3 A    -58.6   171.4    51.6    82.2  -139.7   -75.8  -168.1
   4 C    -62.4   159.0    56.7    78.7  -153.9   -74.3  -147.5
   5 G    -73.6   172.8    53.4    82.9  -141.0   -81.5  -162.7
   6 A    -63.1   178.9    51.1    81.8  -152.9   -71.2  -156.2
   7 C    -68.9   179.7    51.6    83.8  -159.7   -73.7  -158.5
   8 A    -65.8   176.8    48.1    82.9  -160.6   -61.1  -158.6
   9 C    -50.7   160.4    54.1    80.8  -150.8   -77.4  -161.1
  10 A    -57.8   163.2    46.1    78.9  -147.8   -78.2  -162.9
  11 C    -62.8   173.8    53.7    80.2  -149.9   -79.5  -161.7
  12 G    -58.8   169.8    55.8    79.1  -158.9   -68.6  -162.4
  13 U    -61.9   178.5    47.6    81.1  -144.8   -71.2  -162.3
  14 G     ---   -155.0    45.5    81.5  -156.1   -72.9  -166.6
  15 G     ---   -161.3    59.0    86.1    ---     ---   -176.9
  16 G    -80.7  -164.5    50.6    80.1    ---     ---   -147.9
  17 U    -62.2   172.1    52.2    81.1  -156.9   -65.6  -165.9
  18 C    -62.0   176.1    46.5    79.0  -153.9   -71.3  -160.6
  19 G    -68.8   177.9    57.1    83.3  -159.1   -70.5  -160.3
  20 U    -63.3   165.0    52.2    77.9  -157.5   -71.5  -160.2
  21 U    -72.9  -173.4    49.7    82.8  -150.2   -69.6  -163.8
  22 C     ---     ---    -54.2    85.0  -144.0   -73.2  -179.5

    Для обеих цепей А-формы и В-формы, торсионные углы совпадают. Как видно из данных значения соответствующих торсионных углов у ДНК dna23 ближе к соответствующим углам в А-форме.

  5. Для получения стопочных моделей,выполнила команду: 
    rotate_mol -b XXXX.pdb
    в результате чего получила три файла, из которых необходимы вид сбоку и вид сверху. Затем выполнила команду: 
    pdb2img -с X.pdb X.ps
    Результаты:
    Модель С торца Сбоку
    A-форма
    B-форма
    dna23.pdb
©Лавыш Дарья