Я сломал оленя,
Оседлал моржа,
Не найдя в тюленях
Элементы монтажа.
Кобыла и Трупоглазые жабы, "Цедербаум"

Визуализация молекул в JMol

 В данном практикуме с помощью J(S)Mol рассматриваются какие-то аспекты человеческой карбоновой ангидразы II, которая в качестве лигандов имеет две молекулы бензотиазол-2-сульфонамида и один атом цинка.
 Ниже вы можете увидеть окошко J(S)Mol, который с помощью скрипта показывает структуру и какие-то элементы данного белка.
 Для того, чтобы сменить изображение нажмите «Resume». Для того, чтобы перезапустить скрипт нажмите «Start script», но в первый раз он запускается автоматически.
 Сам скрипт можно увидеть, перейдя по ссылке.

Таблица 1. Длины и углы водородных связей.

	Имена атомов	Длина связи (Å)	Угол N-H-O (°)
Альфа-спирали
	N(184LEU) - O(181ARG)	3.31	173.9
	N(166ILE) - O(163LEU)	3.03	160.3
	N(223LEU) - O(219SER)	2.84	160.0
	N(226ARG) - O(222VAL)	3.23	148.7
Бета-тяжи
	N(145ILE) - O(118LEU)	2.90	165.4
	N(257ALA) - O(39LYS)	2.80	165.6
	N(122HIS) - O(141ALA)	3.10	144.9
	N(215ILE) - O(146PHE)	2.85	152.8

Выводы

 Из Таблицы 1 получаем, что средняя длина водородной связи для альфа-спирали составляет 3.10Å, для бета-тяжа — 2.91Å. Средний угол N-H-O для альфа-спирали составляет 160.7°, для бета-тяжа — 157.2°. Эти данные согласуются с уже имеющимися представлениями о водородных связях[1, 2, 3], что длина водородной связи не превосходит 3.5Å, а угол составляет 180±45°.

Источники

1. Aravinda, S. et al, Hydrogen-Bond Lengths in Polypeptide Helices: No Evidence for Short Hydrogen Bonds, 2004.
2. Jeffrey, George A., An introduction to hydrogen bonding, Oxford University Press, 1997.
3. Arunan E. et al, Definition of the hydrogen bond (IUPAC Recommendations 2011).