Практикум №11. Гомология и выравнивание

1. Выбор семейства белковых доменов из базы Pfam

Для выполнения задания был выбран белковый домен AC: PF17256 / Summary name: Anaphase-promoting complex, subunit 16

Данный домен является комплексом убиквитинлигазы, который способствует протеканию анафазы. Эта многофункциональная убиквитин-протеинлигаза регулирует различные клеточные процессы, такие как клеточное деление, дифференцировка, стабильность генома, энергетический метаболизм, гибель клеток, аутофагия, а также канцерогенез.

3. Описание выравнивания белковых доменов с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества

Проект в Jalviewg

Пункт задания	Информация
Выравнивание seed	36 последовательностей, 71 колонка
Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all)	Колонки 44-55
100% консервативные колонки в МДБ-all	44:[A,V], 55:A
Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll)	Последовательности 1-23, колонки 1-55
100% консервативные колонки в МДБ-notAll	1:M (29 из 36), 5:K (35 из 36), 6:E (28 из 36), 7:M (26 из 36), 8:[A, I, L, V] (32 из 36), 15:A (29 из 36), 28:E (29 из 36), 29:K (33 из 36), 31:E (28 из 36), 32:K (30 из 36), 41:M (26 из 36), 45:M (24 из 36), 63:[K, R] (29 из 36), 64:A (23 из 36)
Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции.	Найдено не было