Практикум №12. Семейства белковых доменов. PFAM

1. Краткое описание семейства доменов, выбранного в 11-ом практикуме

Параметр Информация
AC pfam PF17256
ID pfam Anaphase-promoting complex, subunit 16
#SEED 28
#All 756
#SW 6
#architectures 3
#3D 20
Taxonomy 867
#eukaryota 867
#archaea 0
#bacteria 0

Данный домен является комплексом убиквитинлигазы весом 1,5 мегадальтон и состоящий из 19 субъединиц. Способствует протеканию анафазы. Эта многофункциональная убиквитин-протеинлигаза регулирует различные клеточные процессы, такие как клеточное деление, дифференцировка, стабильность генома, энергетический метаболизм, гибель клеток, аутофагия, а также канцерогенез.

Гомологи последовательности APC16(одна из косервативных последовательностей комплекса) могут быть идентифицированы у многоклеточных животных, но не у грибов, по четырем консервативным участкам первичной последовательности.

В описании к семейству в разделе Taxonomy представлены последовательности, относящиеся только к эукариотам. При этом все из них принадлежат к Metazoa.

2. Карта локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой

Информация
Доменная архитектура 1 PF17256
Белок с архитектурой 1 Q9CPV2
Доменная архитектура 2 PF17256 - PF17256
Белок с архитектурой 2 U3CQN2

Карта локального сходства двух белков была построена с помощью BLASTp Align two or more sequences на сайте NCBI. В поле Query (ось абсцисс) был поставлен Q9CPV2, а subject (ось ординат) выбран U3CQN2.

Dot_Plot

Карта локального сходства двух последовательностей

Белок Q9CPV2 (110 а.о.) принадлежит Домовой мыши, а U3CQN2 (85 а.о.) Обыкновенной игрунки из отряда Приматов.

Из карты локального сходства следует гомология данных белков, что отражается в виде двух непрерывных участков выравнивания, которые разделены одним инделем с 47 по 75 колонку. Исходя из этого, можно предположить, что после разделения в ходе эволюции этих двух видов у Домовой мыши произошла инсерция.