Практикум №12. Семейства белковых доменов. PFAM
1. Краткое описание семейства доменов, выбранного в 11-ом практикуме
| Параметр | Информация |
|---|---|
| AC pfam | PF17256 |
| ID pfam | Anaphase-promoting complex, subunit 16 |
| #SEED | 28 |
| #All | 756 |
| #SW | 6 |
| #architectures | 3 |
| #3D | 20 |
| Taxonomy | 867 |
| #eukaryota | 867 |
| #archaea | 0 |
| #bacteria | 0 |
Данный домен является комплексом убиквитинлигазы весом 1,5 мегадальтон и состоящий из 19 субъединиц. Способствует протеканию анафазы. Эта многофункциональная убиквитин-протеинлигаза регулирует различные клеточные процессы, такие как клеточное деление, дифференцировка, стабильность генома, энергетический метаболизм, гибель клеток, аутофагия, а также канцерогенез.
Гомологи последовательности APC16(одна из косервативных последовательностей комплекса) могут быть идентифицированы у многоклеточных животных, но не у грибов, по четырем консервативным участкам первичной последовательности.
В описании к семейству в разделе Taxonomy представлены последовательности, относящиеся только к эукариотам. При этом все из них принадлежат к Metazoa.
2. Карта локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой
| Информация | |
| Доменная архитектура 1 | PF17256 |
| Белок с архитектурой 1 | Q9CPV2 |
| Доменная архитектура 2 | PF17256 - PF17256 |
| Белок с архитектурой 2 | U3CQN2 |
Карта локального сходства двух белков была построена с помощью BLASTp Align two or more sequences на сайте NCBI. В поле Query (ось абсцисс) был поставлен Q9CPV2, а subject (ось ординат) выбран U3CQN2.
Карта локального сходства двух последовательностей