Практикум №3. A- и В- формы ДНК. Структура РНК
Задание 1.
С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей A- и B-формы которой представляет собой 5 раз повторенную последовательность "gatc". В случае с Z-формой последоватьельность состоит из "GC" повторов.
Задание 2.
Для сравнения сгенерированных структур с полученными экспериментально была выбрана B-форма ДНК. В качестве экспериментальной структуры из базы данных pdb была взята 1bna.
В произвольном месте структуры было вабрано азотистое основание аденин.
Обращены к малой бороздке: a6.n9, a6.c4, a6.n3, a6.c2
Обращены к большой бороздке: a6.n1, a6.c6, a6.n6, a6.c5, a6.n7, a6.c8
Синим цветом окрашены атомы, обращенные в малую бороздку, красным цветом - обращённые в большую.
Рис 1. Ориентация атомов аденина.
| Тип формы | Тип спирали (правая или левая) | Шаг спирали (Å) | Число оснований на виток | Ширина большой бороздки | Ширина малой бороздки |
|---|---|---|---|---|---|
| A-форма | Правая | 2.548 | 11 | 18.5 (DG27, DC18) | 9.6 (DA7, DG27) |
| B-форма | Правая | 3.375 | 10 | 20.6 (DT26, DC10) | 11.7 (DT30, DA15) |
| Z-форма | Левая | 3.625 | 12 | 18.3 (DC4, DC14) | 8.7 (DG19, DG7) |