Практикум №4 Семинар по практическим аспектам реконструкции филогении.

Для поиска гомологов белка CLPX_ECOLI было выбрано 8 бактерий из отдела Pseudomonadota. На рис. 1 представлена их филогения.

Рис. 1 Филогенетическое дерево выбранных бактерий.

Из протеомов выбранных бактерий была составлена библиотека, по которой проводился поиск гомологов белка CLPX_ECOLI с помощью программы blastp (оставлены находки с E-value < 0.0001). Будем считать найденные белки гомологами.

Файл с находками

При проведении выравнивания использовалась программа MUSCLE с исходными параметрами. Реконструкция дерева была выполнена на сайте NGPylogeny с помощью программы FastME (эволюционная модель - LG, применено удаление всех колонок с гэпами, 100 повторений для бутстрепа).

Выдача в формате Newick