α-Кристаллин A-цепи — один из основных белков хрусталика глаза, относящийся к семейству малых белков теплового шока. Он выполняет структурную функцию, поддерживая прозрачность и однородность хрусталика, а также участвует в защите клеток от стрессовых воздействий. Подобно другим кристаллинам, этот белок повышает показатель преломления света, не препятствуя его прохождению.
В качестве исходного белка для поиска предшественников был выбран α-кристаллин A-цепи курицы Gallus gallus (UniProt AC: P02504). Сам поиск проводился с использованием алгоритма PSI-BLAST по базе данных Swiss-Prot. Все параметры использовались по умолчанию.
Первая итерация PSI-BLAST обнаружила 124 находки с E-value больше PSI-BLAST Treshold (0.005). Наименьшее значение было у находок α-кристаллинов A-цепи клады Archosauria. Также среди находок были α-кристаллины B-цепи и другие белки теплового шока.
Вторая итерация PSI-BLAST обнаружила 205 находок, т. е. 81 новую. Среди новых находок большинство было также белками теплового шока. Из них принадлежали другому классу Outer dense fiber protein 1 (Белок наружной плотной оболочки 1). Было обнаружено 5 находок данного белка. Все они принадлежали классу Млекопитающие.
Третья итерация PSI-BLAST обнаружила 245 находок, среди которых новыми были: Acid shock protein Streptococcus thermophilus, 3 находки Inactive restricted tobacco etch virus movement protein 2 Arabidopsis thaliana, antigen 2 Mycobacterium avium
При четвертой итерации было найдено 244 находки, что на одну меньше. Новые находки соответствовали по типу белков предыдущим.Выдача третьей итерации
Полученные результаты показывают, что основная часть предковых белков была выявлена уже на первом этапе работы PSI-BLAST, то есть при использовании стандартного алгоритма BLASTp. Вторая итерация также дала заметный прирост — была найдена 81 новая последовательность. На последующих итерациях число новых находок оказалось незначительным. По всей видимости, это свидетельствует о высокой степени консервативности α-кристаллина A-цепи, благодаря чему значительную долю родственных белков удаётся обнаружить уже с помощью BLASTp.