Данные по плазмидам
Таблица по плазмидам
Информация по плазмидам
Плазмиды - небольшие внехромосомные наборы генов в цитоплазме бактерий (помимо генов, заключенных в хромосомной ДНК), являющиеся внехромосомными факторами наследственности.
Многие плазмиды обладают способностью встраиваться в хромосому клетки-хозяина — тогда их называют эписомами.Бактериальные плазмиды — небольшие кольцевидные двухцепочечные молекулы ДНК,
способные удваиваться независимо от хромосомы хозяина. Плазмиды, которые включены в хромосому бактерии, удваиваются вместе с ней.
Многие плазмиды несут гены, влияющие на фенотип клетки-хозяина, и сообщают ей новые свойства: устойчивость к лекарственным препаратам, способность к образованию токсинов (бактериоцины), к конъюгации.
В последние годы описаны скрытые (криптические) плазмиды, которые не имеют фенотипических выражений. Они найдены у многих бактерий только с помощью ультрацентрифугирования.
Обнаружение плазмид у различных видов бактерий показывает, что присутствие их в бактериальных клетках — широко распространенное явление.[1]
Типы плазмид.
Большинство плазмид классифицируют на основании тех свойств бактериальной клетки, которые привели к обнаружению этих плазмид:
F-факторы (fertility — плодовитость) — плазмиды, которые определяют появление новых поверхностных структур клетки, — F-ворсинок, или пилей,
позволяющих клеткам вступать в контакт (конъюгировать) и обеспечивать процесс переноса плазмидной ДНК из одной клетки в другую.
Все плазмиды, которые сообщают своим хозяевам способность к переносу ДНК хромосомы, называют половыми.
R-фактор (resistance — резистентность, устойчивость) — плазмиды, которые обусловливают множественную резистентность микроорганизмов к лекарственным веществам.
R-фактор обычно находится в автономном состоянии в цитоплазме, но может встраиваться в хромосому и тогда выполняет функции полового фактора,
обеспечивающего перенос хромосомы хозяина в другую клетку. Появление штаммов, устойчивых к антибиотикам и сульфаниламидным препаратам, затрудняет лечение инфекционных больных.
Соl-фактор (соlicinogeny — колициногенность) определяет способность бактерий образовывать особые вещества, которые вызывают гибель близкородственных штаммов.
Эти вещества стали называть бактериоцинами. Они имеют белковую природу, обладают способностью адсорбироваться на поверхности бактериальной клетки, подавляют в ней обменные процессы и вызывают гибель клетки.
Бактериоцины действуют только на бактерии, близкородственные продуценту.
[1]
Неконъюгативные плазмиды - небольшие плазмиды, обычно характерные для грамположительных кокков, но встречаются также у некоторых грамотрицательных микроорганизмов.
Обнаруживают большое количество мелких плазмид (более 30 на клетку), так как только наличие такого количества обеспечивает их распределение в потомстве при клеточном делении.
Многие плазмиды, кодирующие образование бактериоцинов (Соl-фактор), также содержат набор генов, ответственных за конъюгацию и перенос плазмид.
Плазмиды патогенности контролируют вирулентные свойства многих видов, особенно энтеробактерий. В частности F-, R-плазмиды и плазмиды бактериоциногении включают tox+-транспозоны,
кодирующие токсинообразование, в частности, синтез интактных протоксинов (например, дифтерийного или ботулинического).
Скрытые плазмиды. Криптические (скрытые) плазмиды не содержат генов, которые можно было бы обнаружить по их фенотипическому проявлению.
Плазмиды биодеградации. Обнаружен также ряд плазмид, кодирующих ферменты деградации природных (мочевина, углеводы) и неприродных (толуол, камфора, нафталин) соединений,
необходимых для использования в качестве источников углерода или энергии. Патогенным бактериям подобные плазмиды придают преимущества перед представителями аутомикрофлоры.
[2]
Результаты анализа табличных данных
В ходе анализа данных таблицы Plasmids мной получены данные о максимальной, минимальной и средней длинах изучаемых плазмид, а также о медиане их длин.
По моим расчётам, максимальная длина плазмиды составляет Kb, минимальная – Kb средняя - Kb, а медиана – Kb.
В пределах рода Cronobacter, к которому относится изучаемая мной бактерия Cronobacter sakazakii ES15, известно 24 плазмид, в частности 14 – для вида Sakazakii.(см. Таблицу)
Чтобы извлечь название рода, я с помощью встроенных функций создала следующую формулу:
Если 1-ый символ является ' или [ , то в соответствующей клетке столбца Genus ставится прочерк.
Иначе если первый символ, переведенный в прописной регистр, совпадает со своим исходным регистром, то включается еще одно условие (в противном случае просто ставится прочерк):
если после сжатия пробелов первое слово не совпадает с «Candidatus», то в Genus появится 1-ое слово. Если же слово всё же совпало с «Candidatus»,
то пишем функцию поиска строки с (номера 1-го пробела + 1) до (позиции 2-го пробела), таким образом, в столбец Genus будет записано 2-ое слово.
Для составления сводной таблицы «Genera» я скопировала столбец Genus, убрала повторы с помощью фильтра (данные->фильтр->расширенный фильтр->только уникальные записи).
Количество плазмид в родах считала через функцию «СЧЁТЕСЛИ».