BLAST.
1. Таблица результатов поиска гипотетических гомологов белка YSDC_BACSU:
| |
Поиск по Swiss-Prot |
Поиск по PDB |
Поиск по "nr" |
1. Лучшая находка
|
| Accession |
PЗ94521.1 |
1VHE A |
NP_390760.1 |
| E-value |
0.0 |
0.0 |
0.0 |
| Вес (в битах) |
738 |
708 |
738 |
| Процент идентичности |
100% |
96% |
100% |
2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? (число находок в списке описаний с E-value < 1e-10)
|
|
| 13 |
13 |
546 |
3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
|
| Номер находки в списке описаний |
19 |
23 |
834 |
| Accession |
B6IPC7 |
1BWW A |
ZP 04229557.1 |
| E-value |
0.022 |
0.88 |
0.96 |
| Вес (в битах) |
39.7 |
30.0 |
26.2 |
| % идентичности |
33% |
33% |
21% |
| % сходства |
49% |
53% |
54% |
| Длина выравнивания |
75 |
49 |
57 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) |
37-111, 44-112 |
253-301, 39-72 |
296-352, 318-372 |
| Число гэпов |
6 |
15 |
2 |
Что странно: 1VHE – это PDB ID моего же белка, но при поиске гомологов
в этом банке получила результаты выравнивания, отличные от других. Возможно,
в PDB хранятся неправильные данные о моем белке?...
При поиске в nr пришлось ввести ограничения по таксону: Bacillales (taxid:1385).
Во всех трех банках мой белок был найден.
Структура в PDB тоже нашлась.
Различия в количестве находок обусловлены различной полнотой данных и количеством источников данных.
В nr собраны все известные последовательности из множества банков. Потому, если не убрать ограничение в 100 результатов,
то не получится дойти до значения E-value>0. Это будет также очень затруднительно сделать, если не ограничить таксон.
2. Ищу гомологи белка в филогенетически далеких таксонах. Нашелся "гомолог" из организма человека (Eukaryota (taxid:2759)).
| Номер находки в списке описаний |
1 |
| Accession |
P01608.1 |
| E-value |
2e-04 |
| Вес (в битах) |
32.7 |
| % идентичности |
37% |
| % сходства |
51% |
| Длина выравнивания |
49 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) |
253-301, 37-70 |
| Число гэпов |
15 |
3. Командой needle sw:p94521 sw:p01608 YSDC_BACSU,KV116_HUMAN.needle получила
оптимальное полное выравнивание:
Aligned_sequences: 2
# 1: YSDC_BACSU
# 2: KV116_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 11.0
# Extend_penalty: 1.0
#
# Length: 368
# Identity: 33/368 ( 9.0%)
# Similarity: 47/368 (12.8%)
# Gaps: 267/368 (72.6%)
# Score: 30.0
#
#
#=======================================
YSDC_BACSU 1 MAKLDETLTMLKDLTDAKGIPGNEREVRQVMKSYIEPFADEVTTDRLGSL 50
KV116_HUMAN 0 -------------------------------------------------- 0
YSDC_BACSU 51 IAKKTGAENGPKIMIAGHLDEVGFMVTQITDKGFIRFQTVGGWWAQVMLA 100
KV116_HUMAN 0 -------------------------------------------------- 0
YSDC_BACSU 101 QRVTIVTKKGEITGVIGSKPPHILSPEARKKSVEIKDMFIDIGASSREEA 150
KV116_HUMAN 0 -------------------------------------------------- 0
YSDC_BACSU 151 LEWGVLPGDMIVPHFEFTVMNNEKFLLAKAWDNRIGCAIAIDVLRNLQNT 200
KV116_HUMAN 0 -------------------------------------------------- 0
YSDC_BACSU 201 DHPNIVYGVGTVQEEVGLRGAKTAAHTIQPDIAFGVDVG-------IAGD 243
.....|...:....|| .|..
KV116_HUMAN 1 -----------------------DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQASQ 27
YSDC_BACSU 244 TPGISEKEAQSKMGKGPQIIVYDASMVSHKGLRDAVVATAEEAGIPYQFD 293
...|.....|.|.||.|::::||||.: |||:|.:|.
KV116_HUMAN 28 DISIFLNWYQQKPGKAPKLLIYDASKL--------------EAGVPSRFS 63
YSDC_BACSU 294 AIAGGGTDSGAIHLTANGVPALSITIATRYIHTHAAMLHRDDYENAVKLI 343
. .|.||| ...|.:.:.... |||.|. ..::| :.|.
KV116_HUMAN 64 G-TGSGTD---FTFTISSLQPED--IATYYC---------QQFDN-LPLT 97
YSDC_BACSU 344 TEVIKKLDRKTVDEITYQ 361
.....|:|.|.
KV116_HUMAN 98 FGGGTKVDFKR------- 108
#---------------------------------------
#---------------------------------------
Командой water sw:p94521 sw:p01608 YSDC_BACSU,KV116_HUMAN.water получила оптимальное частичное
выравнивание:
# Aligned_sequences: 2
# 1: YSDC_BACSU
# 2: KV116_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 11.0
# Extend_penalty: 1.0
#
# Length: 49
# Identity: 18/49 (36.7%)
# Similarity: 25/49 (51.0%)
# Gaps: 15/49 (30.6%)
# Score: 73.0
#
#
#=======================================
YSDC_BACSU 253 QSKMGKGPQIIVYDASMVSHKGLRDAVVATAEEAGIPYQFDAIAGGGTD 301
|.|.||.|::::||||.: |||:|.:|.. .|.|||
KV116_HUMAN 37 QQKPGKAPKLLIYDASKL--------------EAGVPSRFSG-TGSGTD 70
#---------------------------------------
#---------------------------------------
Для этих выравниваний установила штраф за открытие пробела 11, за продолжение пробела – 1 (как в BLASTp).
А вот выравнивание из предыдущего задания:
Сравним выравнивание из задания 2 с оптимальным полным выравниванием. Координаты последовательностей в выбранном фрагменте (присутствующем в обоих выравниваниях):
253-301 для запроса и 37-70 для находки.
Меры совпадения для первого и второго равны 100%, выравнивания на этом фрагменте совершенно одинаковы.
Вес всего полного выравнивания=30,а вес выравнивания BLASTp = 73, т.к. полное выравнивание очень невыгодно в этом плане: много пробелов.
Длина глобального выравнивания = 368, длина выравнивания BLASTp = 49.
Сравним оптимальное частичное выравнивание и выравнивание BLASTp. Можно сказать только то, что они совершенно одинаковы.