Учебный сайт Фоменко Елены

Примеры разных контактов в молекуле белка YSDC _BACSU (PDB ID 1VHE).

Пример гидрофобных контактов фенилаланина.

Все Phe с атомами из радиуса 5 ангстрем:

К неполярным гидрофобным кислотам относят ALA, ISO, LEU, MET, PHE, PRO, TRP и VAL, их атомы и будут взаимодействовать с атомами фенилаланина.
На рисунке показаны выбранный остаток фенилаланина в шарнирной модели, контактирующие с ним а.о. (leu176, leu8, leu11, leu4, leu 177, phe 165, ala178), их контактирующие атомы в виде шариков:

Примеры водородных связей.

Показана водородная связь между боковыми группами ser302, ser316. Длина связи 2,79 ангстрем.
И донором, и акцептором водорода являются атомы кислорода.

Водородная связь между атомом азота gln261 и кислородом ser254. Длина связи 2,71 ангстрем.

Все картинки можно получить с помощью скрипта.

Дисульфидные мостики в инсулине.

Показаны все дисульфидные связи в белке:

Дисульфидный мостик между cys6 и cys11:

Картинки можно получить с помощью скрипта.
В моем белке дисульфидных мостиков не обнаружилось.