Учебный сайт Фоменко Елены

Описание контактов белка с лигандом.

Таблица. Контакты Zn с белком YSDC_BACSU.

Имя атома контакта
Имя контактирующего атома белка Расстояние в Å Предположительная природа контакта

Ион Zn²⁺ Asp237.OD1, Asp237.OD2 2.26,
2.23 Электростатическое взаимодействие.
Хелатный комплекс?
... Asp182.OD1 2.06 Элекстростатическое взаимодействие.

... His68.NE2 2.35 Элекстростатическое взаимодействие.

... HOH373,
HOH374 2.13,
2.18 Электростатическое взаимодействие.

На рисунке изображены атом цинка и атомы из радиуса 5 ангстрем (остальное в остовной модели):

Показаны атом цинка, контактирующие атомы в шариковой модели и аминокислотные остатки, к которым эти атомы относятся. Указано наименьшее расстояние между цинком и атомами белка: 2.06 ангстрем между ионом и ASP182.OD1.

Картинки можно получить с помощью скрипта.

Имя атома контакта	Имя контактирующего атома белка	Расстояние в Å	Предположительная природа контакта
Ион Zn²⁺	Asp237.OD1, Asp237.OD2	2.26, 2.23	Электростатическое взаимодействие. Хелатный комплекс?
...	Asp182.OD1	2.06	Элекстростатическое взаимодействие.
...	His68.NE2	2.35	Элекстростатическое взаимодействие.
...	HOH373, HOH374	2.13, 2.18	Электростатическое взаимодействие.