Учебный сайт Фоменко Елены
Мотивы. MEME и MAST.
1. Поиск мотивов программой MEME.
Берем файл с последовательностями myproteins.fasta и через putty выполняем команду в рабочей директории:
ememetext myproteins.fasta memeout.txt temp.fasta -nmotifs 3
Также можно было взять лист-файл myproteins.list и выполнить команду
ememetext @myproteins.list memeout.txt temp.fasta -nmotifs 3
Получаем файл memeout.txt. Составим таблицу по результатам изучения файла:
| Номер мотива |
Во всех ли последовательностях нашелся? |
Координаты в последовательности YSCD_BACSU |
P-value в последовательности YSCD_BACSU |
Длина |
E-value |
| 1 |
в 5 из 7 |
59-104 |
7.14e-50 |
46 |
1.6e-044 |
| 2 |
в 5 из 7 |
200-249 |
1.30e-47 |
50 |
1.9e-022 |
| 3 |
в 5 из 7 |
300-335 |
1.59e-33 |
36 |
2.1e-017 |
2. Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle.
Открываем в JalView выравнивание последовательностей, полученное программой muscle. Команда:
muscle -in myproteins.fasta -out myproteins_muscle.fasta
Выделяем разными цветами участки последовательностей, входящих в найденные программой MEME блоки.
Получаем картинку:
mot.png
Сохраняем проект JalView в рабочей директории: myproteins_blocks.jar
Сравним выравнивания MEME и Muscle. Для первого мотива они совпадают. Для второго выравнивания различаются для последовательности AMP_CLOTM на конце выравнивания,
немного различаются для FRVX_ECOLI. Для третьего мотива выравнивания совпадают. Думаю, отличия в выравниваниях вызваны присутствием в выравнивании Muscle последовательностей, где мотив не обнаружен.
3. Поиск найденных мотивов в других последовательностях.
Командой
degapseq seed.msf seed.fasta
извлекаем последовательности из выравнивания.
Запускаем программу emast:
emast -dfile seed.fasta memeout.txt mastout.html
Выдача MAST
1. Всего найдено 69 последовательностей с этими мотивами.
2. Все мотивы нашлись в 55 последовательностях.
3. Выравнивание Pfam не везде соответствует мотивам.
