Учебный сайт Фоменко Елены

Главная

Семестры

Проекты

Заметки

PSI-BLAST

№1 Итеративный поиск программой PSI-BLAST по банку Swiss-Prot для аминокислотных последовательностей P18196, P0A832, P17265 и P94521

Первые три последовательности имеют в Swiss-Prot номера доступа P18196, P0A832, P17265; четвёртая – последовательность моего белка. При поиске нужно изменить банк поиска (Swiss-Prot), программу (PSI-BLAST) и значение параметра "Max target sequences" с 500 на 5000. Выполняем до пяти итераций, пока появляются новые последовательности выше порога на E-value 0,005.

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	6	165	0,004	0,005	995	9e-04	0.099
SSRP_ECOLI	P0A832	2	514	3e-12	4.9	514	3e-38	0.42
Y380_RHIME	P17265	4	15	7e-04	0.027	25	3e-18	0.024
YSCD_BACSU	P94521	6	16	0.001	0.015	801	0.005	0.005

1)Число находок увеличиваеся с каждой итерацией. Разрыв между значениями E-value у худшей находки выше порога и лучшей находки ниже порога то увеличивается, то уменьшается.
2)Число находок не изменяется, разрыв в значениях увеличивается.
3)Число находок сначала увеличивается, а потом остается неизменным. Разрыв в значениях e-value постоянно изменяется.
4)Число находок с каждой итерацией увеличивается, разрыв в значениях увеличился.

№ 2 Поиск для последовательностей, число интераций которых больше 5 (Порог 0,001)

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	3	157	0,001	0,001	188	4e-12	0.001
YSCD_BACSU	P94521	6	15	8e-05	0,001	799	5e-04	0.006

Используя более низкое пороговое значение, мы исключаем некоторые последовательности, что увеличило скорость сходимости процесса. На третьей итерации список "сошелся". Для моего белка список не стабилизировался и после пятой итерации.