Учебный сайт Фоменко Елены
Банк UniProt.
1. C помощью программы entret на сервере kodomo получила файл,
содержащий информацию о моем белке. Для этого нужно было выполнить команду:
entert sw:p94521 ysdc_bacsu.entret
2. Теперь заполняем таблицу.
|
Метка поля |
Содержание |
| Код(ы) доступа (Accession number) |
AC |
P94521, q795w6 |
| Идентификатор записи в БД |
ID |
YSDC_BACSU |
| Название (краткое описание) белка |
DE |
Полное название: Putative aminopeptidase
Короткое название: ysdC
EC (Enzyme Commission): 3.4.11.-
|
| Дата создания документа |
DT |
01.05.1997 |
| Дата последнего исправления аннотации |
DT |
21.03.2012 (версия записи 67) |
| Число публикаций, использованных при создании документа |
RN |
1 |
| Журнал и год самой поздней публикации |
RL |
Журнал Microbiology, год 1996 |
| Ключевые слова |
KW |
3D-structure; Aminopeptidase; Complete proteome; Hydrolase; Metal-binding; Metalloprotease; Protease; Reference proteome. |
| Что содержит поле комментариев? |
CC |
Информация о функции (Putative aminopeptidase), кофакторе (Divalent metal cations), субъединице (Probable Homododecamer),
семействе белка (peptidase M42 family) и указания на авторские права. |
| Идентификаторы записей PDB |
DR |
1 VHE |
3. Отвечу на некоторые вопросы.
Какие аминокислотные остатки участвуют в образовании активного центра? (перечислите №№ позиций и полные названия)
214-ый остаток, E (глутаминовая кислота).
Какие ионы связываются с белком?
Ион цинка.
Какие участки белка (напишите номера аминокислотных остатков) участвуют в связывании лиганда? Какого?
Лиганд связывают аминокислотные остатки 68, 182, 215, 237, 325. Лиганд - ион цинка.
4. После выполнения команды infoseq sw:ysdc_* -only -description -noheading получаем один результат:
Putative aminopeptidase ysdC (3.4.11.-). Далее воспользуемся поиском на
UniProt и заполним табицу:
| Команда/Запрос |
Число записей в SwissProt |
Число записей в TrEMBL |
| infoseq sw:ysdc_* -only -description -noheading | wc --line |
1 |
- |
| "Putative aminopeptidase ysdC" |
1 |
114 |
| "Putative aminopeptidase ysdC" "EC=3.4.11.-" |
1 |
110 |
| "Putative aminopeptidase" |
11 |
982 |
| ysdC |
1 |
147 |