Учебный сайт Фоменко Елены
| Главная | Семестры | Проекты | Заметки |
Взяла резервный ген O69735, т.к. данный мне в таблице код оказался, кажется, неправильным.
Принадлежит мой белок к системе "ESX-1 secretion" - системе секреции ESX-белков. Его функция в системе -
подавляющее воздействие на макрофагов и регуляция репликиции бактерий после фагоцитоза. На рисунке обозначен как Rv3870.
В записи Uniprot нашлись многочисленные ссылки на GO. Попробуем расшифровать:
| ID | Тип ID | Описание |
| 0005618 | C (клеточный компонент) | cell wall - |
| 0016021 | C | integral to membrane |
| 0005886 | C | plasma membrane |
| 0005524 | F (молекулярная функция) | ATP binding |
| 0003677 | F | DNA binding |
| 0042783 | P (биологический процесс) | active evasion of host immune response |
| 0007049 | P | cell cycle |
| 0051301 | P | cell division |
| 0007059 | P | chromosome segregation |
| 0044117 | P | growth of symbiont in host |
| 0052083 | P | negative regulation by symbiont of host cell-mediated immune response |
| 0009405 | P | pathogenesis |
| 0044315 | P | protein secretion by the type VII secretion system |
Карты окрестностей ортологов
Воспользуемся BLAST в SEED для поиска в геноме Mycobacterium tuberculois или близкородственных организмов.
Поиск провели с порогом E-value < 1e-7.
Переходим на страницу найденного гена. Открывается графическое окно с 4я гомологами из разных геномов .
Регулируем параметр числа геномов (Number of regions), E-value cut off (меню Advanced),
отключение галочек и “update with selected” для устранения похожих геномов и отбираем ортологов.
Выставляем сначала следующие параметры:
Number of Regions – 50, Evalue cutoff – 1e-7.
На изображении представлена карта окрестностей отобранных ортологов:
Мой белок обозначен под номером 1. Кроме него на данной окрестности белок 2 также характерен для всех отобранных ортологов,
белки 3 и 4 - почти для всех.
Белок 12 характерен только для N. dassonvillei.
Принадлежность к системе SEED определил правильно.
Рядом с моим геном расположены гены, также связанные с данной системой секреции и близкие по реальному расположению.
Заключение
Белок Rv3870 принадлежит системе секреции ESX-белков. Система необходима бактерии для поставления факторов вирулентности в хозяйский макрофаг или моноцит во время инфекции. Белок заякорен в мембране бактерии, выполняет структурную функцию. Наблюдается колокализация этого гена с генами той же системы или так или иначе связанными с ней.