Учебный сайт Фоменко Елены

Главная

Семестры

Проекты

Заметки

1. Метаболические пути фермента

В документе Swiss-Prot с описанием белка нахожу ссылку на KEGG: hsa:80308. Открываю главную страничку KEGG и провожу поиск гена по его KEGG-идентификатору. В открышемся документе нахожу описание метаболических путей ("Pathway"), ассоциированных с геном:

ID	Английское название	Русское название
hsa00740	Riboflavin metabolism	Метаболизм рибофлавина
hsa01100	Metabolic pathways	Метаболические пути (общая карта путей)

Сохранила карту первого пути:

2. Cтруктурные формулы заданных соединений в KEGG

В таблице нахожу для себя два названия химических соединений: L-аргинин и L-пролин. С главной страницы KEGG прохожу по гиперссылке :"KEGG2" ("KEGG Table of Contents"), а с открывшейся страницы – по гиперссылке "KEGG LIGAND". Провожу поиск каждого из веществ по базе лигандов.

1. L-аргингин

Русское название: L-аргинин (2-амино-5-гуанидинпентановая кислота)
Английское название: L-Arginine ((S)-2-Amino-5-guanidinovaleric acid)
Идентификатор: C00062
Структурная формула:

2. L-пролин

Русское название: L-пролин (пирролидин-α-карбоновая кислота)
Английское название: L-Proline (2-Pyrrolidinecarboxylic acid)
Идентификатор: C00148
Структурная формула:

3. Метаболический путь от одного заданного вещества к другому

С главной страницы KEGG прохожу по гиперссылке "KEGG PATHWAY". Нахожу гиперссылку "Search&Color Pathway" и следую по ней. В поле запроса ввожу найденные в предыдущем упражнении идентификаторы соединений. Прошу раскрасить первое соединение красным, а второе – зеленым (синтаксис показан на примерах справа от поля запроса). После ввода запроса получила список карт. После всех названий указано "2", что и нужно.

Нахожу путь, соединяющий два вещества.
Карта: Arginine and proline metabolism
Путь: L-аргинин → L-пролин
Превращения: L-аргинин → L-Ornithine → L-пролин

Найденный путь отмечаю на карте. Для этого возвращаюсь к странице с запросом и добавляю требование желтого цвета для промежуточного продукта. Получаю другую, "раскрашенную", карту.

4. Сравнение метаболических путей у разных организмов

Предстоит определить, возможна ли выбранная в предыдущем упражнении цепочка ферментативных реакций у организмов, перечисленных в таблице ниже. Для этого переводила общую карту (Reference map) в режим, соответствующий выбранному организму.

Возможность выбранной цепочки ферментативных реакций в разных организмах

Организм	Цепочка реакций возможна (да/нет/неизвестно)	Обоснование
Bacillus subtilis	нет	неизвестен ген одного необходимого фермента ([EC:4.3.1.12])
Archaeoglobus fulgidus	нет	гены обоих ферментов отсутствуют
Arabidopsis thaliana	нет	неизвестен ген вышеуказанного фермента
Homo sapiens	нет	ген того же фермента также неизвестен

Но в организме Aspergillus fumigatis оба гена найдены, и нужная нам цепочка присутствует. Вот соответствующая карта.