Учебный сайт Фоменко Елены

1. Запись PDB, полученная методом ЯМР.

В банке PDB нашла структуру, удовлетворяющую условиям (запись содержит больше одной модели, и одна из цепей структуры длиннее 60 остатков), воспользовавшись расширенным поиском ("Experimеntal method" - Solution NMR).
2MUR - структура комплекса UBZ-домена человеческого белка FAAP20 с убиквитином, описанная в 2014 году.

Между OD аспартата-41 цепи А и NH1 аргинина-142 цепи B предположительно есть водородная связь: расстояние между этими атомами 3,2 Å, согласно первой модели.

Если посмотреть на взаимное расположение этих атомов в других моделях из записи, то станет ясно, что в растворе оно непостоянно, и длина связи между кислородом аспартата и NH1 аргинина в разных моделях меняется от 2,8 Å до 3,5 Å.

Рис.1 Взаимное расположение атома OD Asp-41 цепи А и NH1 Arg-142 цепи B для первой (слева) и четвертой модели (справа).

Тем не менее, расстояние между атомами хоть и меняется, но не столь значительно. Это говорит о том, что взаимодействие между остатками довольно важное. Боковые цепи меняют свое положение, но так, чтобы эти атомы далеко не расходились.

2. Биологические единицы.

С помощью расширенного поиска, выставив нужное количество цепей в ассиметрической и биологической единицах, нашла структуру 4RID.
Это человеческая нуклеаза FAN1, играющая важную роль в поддержании стабильности хромосом, участвует в репарации ДНК. Структура описана в ноябре 2014 года в "Nature".

Биологическая единица 4RID состоит из двух симметричных частей, являющихся асссиметрическими единицами (а.е.); в свою очередь, каждая ассиметрическая единица состоит из двух цепей.

Рис.2 Биологическая единица структуры 4RID. Цепи первой а.е. показаны оттенками зеленого цвета, цепи второй а.е. - оттенками голубого цвета.

Если принять 3,5 Å за порог на водородную связь, можно визуализировать эти связи между ассиметрическими единицами.

Рис.3 Водородные связи между ассиметрическими единицами.

Судя по результату, связь между единицами достаточно прочная. Ниже показан отдельный пример водородной связи между ассиметрическими единицами.

Рис.4 Водородная связь между кислородом боковой цепи глутамата первой а.е. и азотом главной цепи второй а. е.