Учебный сайт Фоменко Елены

Работа проводилась со структурой 1VHE. Pfam обнаружил один домен, "функциональный": Peptidase_M42 (координаты в белке 48-342). SCOP обнаружил два домена: большой (163-367), определенный как каталитический (dinuclear zinc exopeptidases); и малый (73-162). Они отделяются визуально. Ниже представлены структуры с выделенными обнаруженными доменами.

Рис. 1 Структура 1VHE. Найденный Pfam домен Peptidase_M42 (48-342) выделен розовым цветом.

Рис. 2 1VHE. Найденные SCOP домены выделены цветом (слева - большой домен, 163-367; справа - малый домен, 73-162).

Видим, что домены в разных базах данных выделились совсем по разному. Pfam, кажется, выделил часть, общую для белков класса пептидаз, а SCOP отделяет домены еще и по структуре.