Учебный сайт Фоменко Елены

Главная

Семестры

Проекты

Заметки

4. Использовали команды:

getorf aewh01000012.fasta -table 11 -minsize 240 -find 1

blastp -query aewh01000012.orf -db pr -evalue 0.001 -out blast.fasta

Всего нашлось 9 открытых рамок.

Таблица с информацией о тех открытых рамках, для которых нашлась хотя бы одна сходная последовательность:

Номер рамки	Начало	Конец	Направление	Число сходных посл.	ID самого близкого белка	E-value находки
1	1941	2909	прямое	2	YFJQ_BACSU	2e-79
4	6252	6998	прямое	6	YQFU_BACSU	2e-70
6	6211	5669	обратное	3	YVCI_BACSU	1e-09
8	1839	1006	обратное	7	GLCT_BACSU	6e-79
9	784	2	обратное	4	PTG3C_BACSU	4e-85

5. Положение на фрагменте тех открытых рамок, для которых нашлись сходные последовательности в B. subtilis:

                                           YFJQ_BACSU                                                   YQFU_BACSU
5'---------------------------------------[№1, 1941-2909]----------------------------------------------[№4, 6252-6998]----3'

3'-[№9, 2-784]-----[№8, 1006-1839]--------------------------------------------------[№6, 5669-6211]----------------------5'
   PTG3C_BACSU       GLCT_BACSU                                                      YVCI_BACSU

6. Сравним взаимное расположение предполагаемых генов данного фрагмента и гомологичных им генов в геноме сенной палочки. Соответствующие гены находим в файле embl.

                              GLCT_BACSU         PTG3C_BACSU
5'------------------------[1456092-1456958]---[1457187-1459286]-----------------------------------------------------------------------------------3'

3'---[871347-872306]---------------------------------------------------[2592003-2592884]------------[3572413-3572889]-----------------------------5'
       YFJQ_BACSU                                                         YQFU_BACSU                 YVCI_BACSU

Какие-либо сходства в расположении генов заметить трудно.
Можно отметить, что гены, соответствующие GLCT_BACSU и PTG3C_BACSU, в обоих последовательностях расположены близко, и их очередность сохраняется. Думаю, можно сделать вывод о консервативности их расположения. Расположение других генов можно считать неконсервативным.