Практикум 11. Гомология и выравнивание. Домены. JalView
1. Домен Spectrin repeat
Для выполнения данного практикума я решил выбрать домен Spectrin repeat (рус. — Спектриновый повтор). Спектриновые повторы (домены) встречаются в ряде белков, участвующих в формировании структуры цитоскелета, включая спектрин, альфа-актинин и дистрофин. Последовательность повторов, используемая в данном семействе, соответствует структурному повтору, описанному в работе. Спектриновый домен представляет собой пучок из трех альфа-спиралей. В некоторых последовательностях вторая спираль прерывается остатком пролина. Характерными признаками доменов являются консервативный остаток триптофана (W) в положении 17 спирали А и остаток лейцина (L) за два остатка до карбоксильного конца спирали С. Несмотря на то, что в аминокислотной последовательности данные домены представлены множественными повторами, они биофизически стабильны сами по себе. Это означает, что они функционируют как самостоятельные структурные единицы (домены), а не как зависимые повторы, обретающие функцию только при агрегации. Информация о домене формализована в таблице 1.
| Информация | |
|---|---|
| AC pfam | PF00435 |
| ID pfam | Spectrin repeat |
| SEED | 80 |
| All | 334806 |
| SW | 82 |
| architectures | 3667 |
| 3D | 42 |
| Taxonomy | |
| eukaryota | 59551 |
| archaea | 0 |
| bacteria | 0 |
2. Описание белковых доменов seed
| Информация | Комментарии | |
|---|---|---|
| Выравнивание seed | Число колонок — 124, число последовательностей — 80. | |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | 104-122 колонки | |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | Абсолютно консервативных колонок нет, функционально консервативная лишь 1 – 111:[LVIMF]. 104:[LIVFM](79 из 80), 108:[MVFW](65 из 80), 118:[RK](64 из 80), 122:[LVI](78 из 80) | |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) Если есть другие максимальные блоки с тем же подмножеством последовательностей, то опишите их. |
Колонки 19-122, 19 последовательностей: 4–10, 16–20, 42–43, 45–48, 70 | |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | Абсолютно консервативные: 19:W, 122:L. Функционально консервативные: 57:[IMLV], 65:[FVIL], 68:[CFLVIA], 79:[LCMFI], 104:[VLIF], 111:[MLFVI]. Также имеются колонки с высокой степенью консервативности: 27:[IVALM](18 из 19), 40:[IVAL](18 из 19) и т.д. | |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | 69-78 |
Проект Jalview практикум 11 — выравнивания лежат в одном окне, для каждого подпункта своя вкладка view
4. Карта локального сходства 2 белков
| Информация | |
|---|---|
| Доменная архитектура 1 | PF00307 - PF00307 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF15410 |
| Белок с архитектурой 1 | Q6XD99 |
| Доменная архитектура 2 | PF00307 - PF00307 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF00435 - PF15410 |
| Белок с архитектурой 2 | Q9U9J8 |
