Практическая работа 2. Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК
Задание 1.
При помощи программы fiber пакета 3DNA были сгенерированы структуры дуплексов ДНК, последовательность одной из нитей которых представляет собой 5 раз повторенную последовательность "gatc"
А-форма
B-форма
Z-форма
Задание 2.
Я выбрал Тимин c19 на цепи B
В сторону большой бороздки смотрят: C4, C5, C6, C7, O4; в сторону малой: C1, C2, C3, O2.
| Форма | Тип спирали | Шаг спирали (Å) | Число оснований на виток | Ширина большой бороздки | Ширина малой бороздки |
|---|---|---|---|---|---|
| A-форма | правая | 28 | 11 | 17.2 (A/A12 - B/C32) | 7.9 (A/A2 - B/C33) |
| B-форма | правая | 33 | 10 | 18.0 (A/A6 - B/T32) | 11.7 (A/C12 - B/G33) |
| Z-форма | левая | 43.5 | 12 | 23.0 (A/C2 - B/G15) | 8.7 (A/G7 - B/G19) |
Задание 3.
Для выполнения данного задания мне была выдана фенилаланиновая тРНК дрожжей, а также транскрипционный фактор Rob.
Для получения подробной информации о структуре данной тРНК, я выполнил команду find_pair -t 1EHZ_old.pdb stdout | analyze,
предварительно преобразовав файл 1EHZ.pdb в старый формат pdb при помощи программы remediator.
В файле 1EHZ_old.out можно было найти всю информацию о водородных связях внутри данной молекулы.
Номера нуклеотидов, образующих шпильки — (1-7 и 72-66); (10-13 и 25-22); (39-43 и 31-27); (49-53 и 65-61)
Всего в структуре 10 неканонических пар: 4U-U69, 545MU-1MA58, 55PSU-G18, 36A-U33, 38A-OMC32, 39PSU-A31, 44A-M2G26, 14A-U8, 15G-C48, 16H2U-U59
Водородные связи, поддерживающие третичную структуру: 545MU-1MA58, 55PSU-G18, 36A-U33, 38A-OMC32, 44A-M2G26, 14A-U8, 15G-C48, 16H2U-U59