Визуализация филогенетического дерева:
Визуализация таксономического дерева
Для построения деревьев использовались следующие программы:
- С помощью SRS были найдены в БД UniProt аминокислотные последовательности, нужные для заданной выборки.
- Далее для построения филогенетического дерева использовались такие программы:
- Было построено множественное выравнивание последовательностей моей выборки с помощью программы emma, создающей выходной файл в формате Clustal
- Была использована команда -eprotdist для построения матрицы попарных расстояний между белками.
- Далее филогенетическое дерево было реконструировано по алгоритму ближайших соседей (Neighbour-Joining) с помощью программы eneighbor.
- Для получения приемлемого изображения и редактирования дерева использовалась программа GeneMaster
- Cледующим этапом работы было создание таксономического дерева:
- На странице веб-сайта NCBI в левом меню был выбран пункт "Taxonomy common tree"
- А далее опять же использовался GeneMaster
Более жирными линиями и выделены ветви, относящиеся к внешней группе. Архей не наблюдается, поэтому выделять красным цветом нечего.
На филогенетическом дереве отмечены паралоги и ортологи.
Гомологичные последовательности называют паралогичными,
если к их разделению привело удвоение гена:
если в пределах одного организма в результате хромосомной мутации произошло удвоение гена,
то его (и его предшественников) копии называют паралогами.
Паралоги, как правило, имеют разные функции (названия соответствующих пар выделены рамочку. Для каждой пары цвет рамочки соответствующий).
Ортологи - последовательности, возникшие из одного общего предка
в результате процесса видообразования (если ген существует у некоего вида, который дивергирует с образованием двух видов,
то копии этого гена у дочерних видов называются ортологами.)
Ортологи, как правило, имеют одну общую функцию.
(названия соответствующих пар выделены цветным шрифтом).