Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку DXR_ECOLI

Идентификатор:IPB003821D
Количество последовательностей:142
Ширина блока: 53

Веб-страница блока

Темно-фиолетовый цвет соответствует первому уровню консервативности (более 80% идентичности)
Темно-розовый цвет соответствует второму уровню консервативности(более 60% идентичности)
Темно-зеленый соответствует третьему уровню консервативности(более 40% и дентичности)

Веса аминокислотных замен

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока P45568 из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот nαβ pαβ qα qβ sαβ Glu,Glu 6444 0,014 0,0453 0,0453 5,5648 Glu,Asp 8117 0,018 0,0453 0,069 3,027 Glu,Ser 1559 0,003 0,0453 0,081 -2,206

С помощью программы pairs_count.exe были посчитаны количества всех в озможных пар аминокислот (nαβ) и суммарное количество пар (N=456065) . Величина pαβ -отношение количества каждой пары к их общему количеству. qα и qβ -частоты встречаемости аминокислот sαβ -вес аминокислотных замен Были использованы такие формулы: pαβ=nαβ/N qα=pαα+(pαβ+pαγ+...)/2 sαβ=2log2(pαβ/(2*qα*qβ)) sαα=2log2(pαα/qα2)

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот	nαβ	pαβ	qα	qβ	sαβ
Glu,Glu	3394413	0,015	0,057	0,057	4,408
Glu,Asp	1967322	0,009	0,057	0,045	1,512
Glu,Ser	1438283	0,006	0,057	0,085	-1,234

Все тоже самое,что и в предыдущей таблице, но N=229168446

Сравнение весов аминокислотных замен

Пара аминокислот	Блок P45568	200 блоков	BLOSUM62
Glu,Glu	5,5648	4,408	5
Glu,Asp	3,027	1,512	2
Glu,Ser	-2,206	-1,234	0

Первая выборка блока DXR_ECOLI связана с относительно узким семейством белков, а вторая выборка значительно шире.Точность расчетов будет варьироваться в зависимости от массива данных.У блоков, которые рассматривались при создании матрицы BLOSUM62, может быть отличная от белков блока DXR_ECOLI степень родства, а значит и результаты могут не совпадать.
Но все же можно ометить некоторые закономерности:
1.Вес замены аминокислоты на родственную больше,чем вес замены на неродственную
2.Вес замены аминокислоты на саму себя гораздо больше веса замены на родственную Следует заметить,что исходя из моих данных вес замены аминокислоты на саму себя по всем трем матрицам практически совпадает Все остальные результаты отличаются больше, чем на единицу.