GO

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск одного из ключевых слов, соответствующих белку DXR_ECOLI, среди терминов GO.

Термин: metal ion binding (соединение иона металла)
Количество синонимов: 2
Определение термина: Interacting selectively with any metal ion (взаимодействующий селективно с каким-нибудь ионом металла)
Количество родителей: один (связь is_a)
Количество дочерних терминов- нет.

Определить в чем различия между связями is_a и part_of на примере данного графа оказалось невозможным, т.к. данный граф не содержит связи part_of. В принципе различия между этими связями состоит вот в чем: связь is_a указывает на то, что дочерний термин является частным случаем родительского и при этом родительский термин должен обязательно заключать в себе дочерний; в случае же связи part_of родительский термин может и не заключать в себе дочерний.

Создание выборок белков с определенными функциями (поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)

Моя задача заключается в том, чтобы исследовать качество аннотации функции у конкретной группы белков, расположенных в ядре у организма Danio rerio. Отчет представлен в виде таблицы:

	Количество белков	Запрос в SRS
Всего	14676	(([uniprot-Organism:Danio] & [uniprot-Organism:rerio]) \| [uniprot-Organism:Danio rerio*])
С идентификаторами всех трех онтологий GO	3698	"((([uniprot-Organism:Danio] & [uniprot-Organism:rerio]) \| [uniprot-Organism:Danio rerio]) & ((([uniprot-DBxref:C:] & [uniprot-DBxref:P:]) & [uniprot-DBxref:F:]) > parent )) "
В этом же числе локализованных в ядре	1188	"((([uniprot-Organism:Danio] & [uniprot-Organism:rerio]) \| [uniprot-Organism:Danio rerio]) & ((([uniprot-DBxref:C:nucleus] & [uniprot-DBxref:P:]) & [uniprot-DBxref:F:]) > parent )) "
Только с самыми хорошими доказательствами функции(TAS/IDA)	2	"(((([uniprot-Organism:Danio] & [uniprot-Organism:rerio]) \| [uniprot-Organism:Danio rerio]) & ((([uniprot-DBxref:C:nucleus] & [uniprot-DBxref:P:]) & [uniprot-DBxref:F:]) > parent )) & ((([uniprot-DBxref:TAS.] \| [uniprot-DBxref:IDA.]) ! (((((([uniprot-DBxref:IMP.] \| [uniprot-DBxref:IGI.]) \| [uniprot-DBxref:IPI.]) \| [uniprot-DBxref:ISS.]) \| [uniprot-DBxref:IEP.]) \| [uniprot-DBxref:NAS.]) \| [uniprot-DBxref:IEA.*])) > parent )) "
Только с самыми плохими доказательствами функции (IEA)	1149	"(((([uniprot-Organism:Danio] & [uniprot-Organism:rerio]) \| [uniprot-Organism:Danio rerio]) & ((([uniprot-DBxref:C:nucleus] & [uniprot-DBxref:P:]) & [uniprot-DBxref:F:]) > parent )) & (([uniprot-DBxref:IEA.] ! ((((((([uniprot-DBxref:IMP.] \| [uniprot-DBxref:IGI.]) \| [uniprot-DBxref:IPI.]) \| [uniprot-DBxref:ISS.]) \| [uniprot-DBxref:IEP.]) \| [uniprot-DBxref:NAS.]) \| [uniprot-DBxref:TAS.]) \| [uniprot-DBxref:IDA.*])) > parent )) "

При выполнении этого задания я руководствовалась общепринятой иерархией кодов доказательств. Согласно ей наличие самых плохих доказательств соответствует коду IEA (они взяты из базы данных без проверки куратором), а самых хороших доказательств соответствует коду TAS/IDA (прошли экспериментальную проверку). У локализованных в ядре белков Danio rerio, аннотированных в GO, присутствовал код TAS/IDA. Можно сделать вывод, что данная группа белков описана достаточно точно. Результаты вполне логичны и обоснованы: хороших мало(2) плохих соответственно много. Почти все белки (за исключением тех двух, не влияющих на общую картину),имеющиеся в геноме Danio rerio имеют плохую аннотацию, те еще не очень хорошо и тщательно изучены

Изображение Danio rerio (Zebra fish):