|
Здесь показана зона контакта лиганда с белком. Лиганд NDP окрашен темно-желтым цветом Между атомами азота и кислорода на расстоянии не более 3,5 арнгстрем существует водородная связь, которая и обозначена на изображении в виде красно-синих "палочек", соединяющих соответствующие атомы На расстоянии не более 4,5 арнгстрем между гидрофобными атомами белка и лиганда существует гидрофобное взаимодействие Светло-синим цветом обозначены аминокислотные остатки белка которые взаимодействуют гидрофобно с лигандом. Эти остатки предложены мной для генно-инженерного эксперимента. Аминокислотный остаток, окрашенный ярко-зеленым цветом предложен мной также для генно-инженерного эксперимента. Этот остаток входит в состав остова белка и связан водородными связями с лигандом. |
|
1) Аминокислотные остатки белка , контактирующие с лигандом NDP2001. На расстоянии гидрофобного взаимодействия от лиганда с лигандом контактируют такие остатки: аланин и глицин. На расстоянии водородного взаимодействия с лигандом взаимодействуют такие гидрофильные остатки как треонин, глицин, лизин, аспарагин, серин 2) Замена аминокислотного остатка , которая может привести к потере способности связывания лиганда с белком. Я предлагаю заменить гидрофобный изолейцин12 или изолейцин100(окрашены светло-синим цветом) на гидрофильный остаток. Ароматическое кольцо лиганда правильно ориентировано в пространстве благодаря гидрофобному взаимодействию с изолейцином. После нарушения гидрофобной связи молекула лиганда будет по-другому ориентирована в пространстве, что приведет к изменению функций лиганда. 3) Замена аминокислотного остатка белка, контактирующего с молекулой лиганда, но мало влияющего на способность связывания с лигандом. Я предлагаю заменить амнокислотный остаток остова серин11 (окрашен ярко-зеленым цветом) на гидрофобный или любой другой остаток. Молекула лиганда связана водородными связями только с аминокислотными остатками остова. Значит при изменении одного остатка остова связь между лигандом и белком не изменится, т к в остове все равно очень близко находятся атомы обеспечивающие гидрофобное взаимодействие, утерянное взаимодействие будет компенсироваться с помощью других остатков, атомов |