 |
В таблице приведены расстояния между всеми узлами моего дерева, включая исходную последовательность гена моего белка. Расстояния определены как число мутаций , разделяющих последовательности (число мутаций на 100 п.н. ).
|
 |
Здесь изображена матрица попарных различий, построенная с помощью программы distmat пакета EMBOSS
|
 |
Используя программу distmat пакета EMBOSS, выбрав пункт 1 меню, была построена матрица попарных эволюционных расстояний, вычисленных по формуле Джукса-Кантора.
|
 |
Исходя из диаграммы, диапазон, в котором полученные оценки эволюционных расстояний, близки к "истинным".
Из графика видно, что при большом значении истинного расстояния между последовательностями процент несовпадений стремится к 75% - т.е. к проценту несовпадения двух случайных нуклеотидных последовательностей.
Также из данной диаграммы можно сделать такой вывод, что модель Джукса-Кантора применима намного шире, чем при подсчете попарных различий. При малых расстояниях обе модели дают хорошо согласуемые результаты с "истинными", где-то в интервале от 0 до 50-60.
Обе модели предсказывают меньшее попарное расстояние между последовательностями, чем оно есть на самом деле.
|