JACKKNIFE+------DXR C. +--------98.0-| | +------DXR D. +------| | | +------DXR A. | | +-96.0-| | +-58.0-| +------DXR B. | | | +-------------DXR F. | +---------------------------DXR E. |
BOOTSTRAP+---------------------------DXR E. | | +------DXR D. | +--------98.0-| | | +------DXR C. +------| | +------DXR B. | +-99.0-| +-61.0-| +------DXR A. | +-------------DXR F. |
Можно сделать такие наблюдения: оба алгоритма генерируют одинаковое по топологии консенсусное дерево, при том что оно соответствует реальной эволюционной модели.
Реконструированные деревья по топологии в точности соответствуют тем, которые были восстановлены почти всеми (за исключением UPGMA) методами, использованными ранее при построении филогенетических деревьев.
Данные алгоритмы имеют большое преимущество в том, что они позволяют реконструировать помимо ветвей консенсусного дерева и менее "популярные ветви", которые могут как раз отвечать реальной картине мира.
Сами алгоритмы отличаются друг от друга разве только способом построения выравниваний, с помощью которых и строятся 100 деревьев.
Для этого используются такие программы:
seqboot- для построения множественных выравниваний, состоящих из случайно выбранных столбцов исходного выравнивания. В случае Bootstrap это выравнивания той же длины, столбцы которых получают последовательным произвольным выбором из столбцов исходного, а в случае Jackknife - выравнивания половинной длины, из каждого из которых случайным образом выкинули половину столбцов;
dnaml- построение 100 деревьев по созданным репликам. Для построения деревьев используется метод Maximum Likelihood;
consense - для построения консенсусного дерева, т.е. такого, ветви которого встречаются в большинстве деревьев;
Цифры, которыми подписаны ветви, показывают число деревьев из ранее построенных 100, в которых встретилась данная ветвь.