Визуализация неукорененного дерева:
Визуализация филограммы:
Для того, чтобы визуализовать деревья, существует программа drawtree. С ее помощью было получено изображение того неукорененного дерева, которое было ранее построено с помощью алгоритма Neighbor-Joining (слева).
Очень популярный способ укоренить неукорененное дерево заключается в том, чтобы поместить корень в так называемую центральную точку, т.е. такую точку дерева, от которой расстояния до всех листьев одинаковы. Такое укоренение есть попытка построить ультраметрическое дерево. Его осуществляет программа retree с параметром -M. Изображение этого дерева в виде прямоугольной филограмы представлено ниже, справа.