Изображение цепи в остовном виде с альфа-спиралью в ленточной модели
Среднее значение Phi: -64,56 Max Phi: -40,80 Min Phi: -100,60 Среднее значение Psi: -37,18 Max Psi: 81,30 Max Psi: -59,20
Изображение спирали в шарнирной модели с раскраской по атомам и водородными связями
RasMol обнаруживает водородные связи между следующими атомами: PRO245A.O GLN248A.N PRO245A.O ILE249A.N VAL246A.O VAL250A.N HIS247A.O GLY251A.N GLN248A.O MET252A.N ILE249A.O GLY253A.N VAL250A.O GLU254A.N GLY251A.O ALA255A.N MET252A.O TYR256A.N GLY253A.O ARG257A.N GLU254A.O ILE258A.N ALA255A.O ALA259A.N TYR256A.O LYS260A.N ARG257A.O GLU261A.N ILE258A.O GLU262A.N ALA259A.O MET263A.N - - - - GLU262A.O GLU266A.N MET263A.O MET267A.N ALA264A.O GLU268A.N THR265A.O ARG269A.N GLU266A.O LEU270A.N MET267A.O ARG271A.N GLU268A.O GLY272A.N ARG269A.O LEU273A.N LEU270A.O ARG274A.N ARG271A.O ASN275A.N GLY272A.O ARG276A.N LEU273A.O LEU277A.N ARG274A.O TRP278A.N ASN275A.O ASN279A.N ARG276A.O GLY280A.NВодородная связь наблюдается между атомами кислорода и азота
Изучая пары атомов, между которыми имеется водородная связь, можно установить некоторые закономерности.
1. Водородные связи обычно появляются между атомами, находящимися в соседних витках спирали. Номера молекул, включающих атомы, обычно отличаются на 4. (Исключение составляет пара PRO245A.O - GLN248A.N, которая вообще выбивается из общего ряда, т.к, по RasMol, атом PRO245A.O образует 2 водородные связи вместо одной)
2. Из таблицы видно, что номера молекул, содержащих атомы соответствующего химического элемента, идут подряд. То есть, если альфа-цепь цельная, без разрывов, и имеет n молекул, то каждая ее молекула с 1 до (n-4) имеет атом кислорода, связанный водородной связью с атомом азота (который имеется во всех молекулах начиная с определенного номера и до n). Соответственно, большинство молекул имеет и атом O, и атом N, образующие водородные связи с другими. Но в случае моей альфа-спирали есть опять же исключение. В молекулах 260А и 261А атом кислорода не имеет водородной связи с атомом азота молекул 264А и 265А соответственно. В связи с этим спираль немного «надламывается» по своей форме и состоит как бы из 2 спиралей. Возможно, действительно логично было бы считать ее за 2 отдельных альфа-спирали, но я рассматриваю как одну – в соответсвии с данными, имеющимися в pdb-файле.
Изображение цепи в остовной модели и контактирующих атомов
Таблица.Контакты альфа-спирали 245-280 с остальной частью цепи А белка из записи PDB 1P3W. Имя атома остатка спирали Имя контактирующего атома Расстояние в A Предположительная природа контакта ASN279A.O ILE281A.N 3.44 Водородная связь? ARG269A.NH1 THR261A.O 2.95 Водородная связь? MET252A.SD ILE58A.CD1 3.81 Гидрофобное взаимодействие? TRP278A.CZ2 LEU289A.CG 4.25 Гидрофобное взаимодействие?