Функции. Классификация. Коды ферментов ферментов.
Поиск сведений о субстрате и продукте в KEGG
В оглавлении KEGG была выбрана база KEGG LIGAND. Поиск производился по следующим данным: субстрат:
-- фумарат (Fumarate; Fumaric acid; trans-Butenedioic acid)
-- идентификатор C00122 (Compound)
-- брутто-формула C4H4O4
продукт:
-- аспаргин (Asparagine; L-Asparagine; 2-Aminosuccinamic acid)
-- идентификатор C00152
-- брутто-формула C4H8N2O3
Поиск метаболического пути
В оглавлении KEGG была выбрана функция Color objects in pathways.Текст запроса для раскрашивания субстрата, продукта и ферментов, введенный
в форму:
C00122 red
C00152 green
4.3.1.1 yellow
6.3.1.1 yellow
Путь KO00252, карта Alanine and Aspartate Metabolism (часть):
Описание последовательности реакций
| Этап | Ферментативная реакция | EC number | R number |
| 1 | Fumarate + NH3 <=> L-Aspartate | EC 4.3.1.1 EC 3.5.1.38 |
R00490 |
| 2 | ATP + L-Aspartate + NH3 <=> AMP + Diphosphate + L-Asparagine | EC 6.3.1.1 | R00483 |
Исследование метаболического пути в других организмах
Таблица 2. Возможность пути превращения фумарата в аспаргин в различных организмах с известными полными геномами.| Организм | Возможна ли цепочка реакций (да/нет/неизвестно) |
Обоснование |
| Escherichia coli | да | присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций |
| Haemophilus influenzae Rd KW20 | да | присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций |
| Methanococcus janaschii | нет | неизвестны гены ферментов EC 4.3.1.1 и EC 6.3.1.1, катализирующих соответственно 1 и 2 стадии |
| Arabidopsis thaliana | нет | неизвестны гены ферментов EC 4.3.1.1 и EC 6.3.1.1, катализирующих соответственно 1 и 2 стадии |
| Homo sapiens | нет | неизвестны гены ферментов EC 4.3.1.1 и EC 6.3.1.1, катализирующих соответственно 1 и 2 стадии |