|
ID белка |
AC белка |
Число итераций |
Для первой итерации |
Для последней итерации |
||||
|
Число находок выше порога (0,005) |
Худшее E-value выше порога |
Лучшее E-value ниже порога |
Число находок выше порога (0,005) |
Худшее E-value выше порога |
Лучшее E-value ниже порога |
|||
|
MINC_ECOLI |
P18196 |
5 |
126 |
0,004 |
0,005 |
239 |
0,003 |
0,007 |
|
SSRP_ECOLI |
P0A832 |
2 |
449 |
3e-10 |
5,0 |
449 |
8e-31 |
0.62 |
|
NUSB_ECOLI |
P0A780 |
4 |
327 |
0,003 |
0,008 |
388 |
2e-12 |
0.031 |
|
ECOT_ECOLI |
P23827 |
2 |
45 |
7е-7 |
4,5 |
45 |
6e-16 |
0,23 |
Итерации "сошлись" для всех последовательностей, кроме первой.
Для белка MINC_ECOLI даже после пятой итерации остались лишние последовательности.То есть были
найдены не только родственные белки.Это и объясняет
тот факт,что "разрыв" значений E-value небольшой.
Для белков SSRP_ECOLI и ECOT_ECOLI итерации сошлись быстрее всего.Уже после второй итерации новых последовательностей выявлено не было.Это значит что psiblast сразу находил белки,родственные SSRP_ECOLI и ECOT_ECOLI.У находок с худшим E-value выше порога и лучшим E-value ниже порога виден оромный разрыв.Это объясняет то,что "отсеянные" белки не являются близкородственными данным.
Для белка NUSB_ECOLI посдедовательности выявлены
после четвёртой итерации.В
выборке оставались белки таких семейств:NUSB и RSMB.Белки RSMB ослабляют избирательность psiblast,и поэтому разрыв между значениями E-value меньше,чем
в случае с белком SSRP_ECOLI.
2)
Для того,чтобы итерации сходились необходимо понизить порог с 0,005 до 0,001.
При такой подборке итерации сходятся после третьего запроса.Объясняется тем,что теперь в список не входят белки семейства,сильно отличающегося от MINC_ECOLI.Это белки семейства FRMA_PASPI.Таким образом,максимальное значение порога,вероятнее всего,равно 0,001.
©Терешкова Алеся,2009