Пробное выравнивание.

Использовав программу GeneDoc,сравнила выданный фрагмент с последовательностью моего белка и получила,

что 100%-ное совпадение приходится на участок со107 по 128 аминокислотный остаток.

Затем провела выравнивание двух фрагментов последовательностей длиной 22 и 23 а.о. и получила,что совпали 8 колонок(чёный цвет).

Длина выравнивания равна 23.

Вес выравнивания рассчитываем по формуле: W=M-nG,

где M - число совпавших букв, G - штраф за пропуск,равен 2, n - общее число пропусков,не считая краевых.

Вес выравнивания равен: W=8-0*2=8.

Процент идентичности двух выравненных последовательностей:8/23*100%=34,78%.

Для поиска первой с N-конца выравнивания "близкородственной" замены а.о.,необходимо воспользоваться таблицей BLOSUM62.

Близкородственной считается замена с положительным значением в таблице.

Первой заменой можно считать колонку№8,которой соответствуют аминокислоты: глутаминовая кислота и лизин (E-K).

Вес такой замены равен единице.

Эти аминокислоты схожи тем,что обе являются гидрофильными.Но вес замены невелик,возможно потому что глутаминовая кислота явлется кислой,а лизин-основной аминокислотой.