Выравнивание аминокислотных последовательностей.

Пакет EMBOSS для выравнивания последовательностей удобно использовать в системе LINUX.

Получить доступ к ней можно посредством программы Putty.

Частоиспользуемый перечень команд:

Команда "ls"-отображает содержимое активной директории;
Команда "ls .."-отображает содержимое наддиректории активной директории;
Команда "cd <имя поддиректории>"-переход в поддиректорию;
Команда "cd ..".-активирует наддиректорию директории, которая активна в данный момент;
Команда "pwd"-выдаёт полное имя текущей директории (уазывает доступ)
Команда "more X"-показывает содержимое файла.Причём его можно пролистывать клавишей "пробел",либо просматривать построчно с помощью клавиши enter;
Команда "history"- отображает перечень введённых команд;

Программы по созданию файлов:

Программа seqret - создает файл с расширением fasta,именем-код белка ECOT.ECOLI.Содержит последовательность белка из банка Swiss-Prot.

Программа entret - создает файл с расширением entret, именем - названием белка в базе UniProt.Содержит полную запись о данном белке из банка Swiss-Prot.

Оптимальное выравнивание с помощью программы needle пакета EMBOSS:

Построено глобальное оптимальное выравнивание последовательностей двух белков:ECOT_ECOLI и ECOT_SHEON.

Оно сохранено в файлах needle.needle и need.needle соответственно.

В случае второго выравнивания изменены параметры таким образом, что размер штрафа за гэп увеличен втрое и за каждый последующий взимается по 1.

На странице приведено только одно выравнивание, так как оба полученные выравнивания идентичны.

Оптимальное локальное выравнивание с помощью программы water пакета EMBOSS:

Проведено три локальных выравнивания.В первом(water.water)-параметры стандартны,во втором(wate.water) они увеличены,в третьем(wat.water)-уменьшены.

Им соответствуют файлы,обработанные программой GeneDoc:water.msf; wate.msf;wat.msf.

Подведём итоги сравнения:

Глобальные выравнивания идентичны. Различий не обнаружено.
Необходимо отметить,что два первых локальных выравнивания полностью идентичны.Несоответствия наблюдаются в третьем выравнивании.А именно:на конкретном примере видно, первой колонке первого,и соответственно второго,выравнивания соответствует тридцать первая колонка третьего выравнивания. Также благодаря наличию гэпов в колонках 125 в первой последовательности и 128-во второй последовательности третьего выравнивания появился новый "выровненный участок". (колонка №127 третьего выравнивания)Также появились выровненный участок на промежутке 139-141 третьего выравнивания.
Глобальные выравнивания идентичны. Несоответствий нет.
В третьем выравнивании длина последовательности больше. Совпадают промежутки выравнивания таким образом,что 1 колонке первого (второго) выравнивания соответствует 31 колонка третьего выравнивания. Конкретные примеры постановки гэпа в третьем выравнивании:колонка № 94 первого выравнивания на соответствующем месте третьего выравнивания стоит гэп,это колонка № 125 первая последовательность. Аналогичным образом сопоставляются колонка № 96:128 ( VP:V- ),также № 106-107:142-143
Первые два локальные выравнивания можно полностью совместить путём наложения,т.е. они полностью одинаковы.А в третьем выравнивании добавлен участок длиной в 30 аминокислот .
Глобальное выравнивание содержит в себе полностью локальные выравнивания №1 и №2.Это участок 31-178 глобального выравнивания. Третье локальное выравнивание ровно на столько же совпадает,как и первые два,несмотря на большую длину.