Введение в PYMOL .

1.Необходимо собрать информацию о структуре соединения, имеющего запись 1KMY в банке PDB. Определить, какой ион присутствует в структуре, показать его окружение.

fer1.png

Расшифровка BPY : это лиганд бифенил-(2,3)-диол.

2.Исследование записей PDB с помощью инструментов PyMOL

В записи 1DLP изучите остатки 136 цепи A и 167 цепи С

ASN-136.png

ARG-617.png

Не сложно заметить, что в структуре присутствуют дополнительные связи (ковалентной природы) между атомами O и N. О которых, надо сказать, в замечаниях сказано, что связи являются недостоверными.

Запись 7GPB содержит четыре идентичные полипептидные цепи. Изучите остатки с номерами 67 из этих четырёх цепей.

TRP-67.png

Все четыре аминокислотных остатка, располагающихся на 67 позиции оказались остатками триптофана. Но вот что действительно интересно, что особенностью молекулы триптофана, а также фенилаланина и тирозина, является их способность к "стопкообразованию", так называемому Stacking. В основе этого явления лежит плоская структура данных аминокислот. При рассмотрении же этих триптофанов можно заметить, что два цикла каждого из них лежат в разных плоскостях.

Но наиболее показательным примеров является конечно триптофановый остаток на цепи D:

2.Создание скрипта для PyMOL

Ниже приведён скрипт соответствующий заданию №2, пункту о четырёх триптофанах:

load 7GPB.pdb

  hide all

  show sticks, byres resi 67

  orient (vis)

  png TRP-67.png

hide all

  show sticks, byres a/67/

  orient (vis)

  png a67W.png

hide all

  show sticks, byres b/67/

  orient (vis)

  png b67W.png

hide all

  show sticks, byres c/67/

  orient (vis) 
 
  png c67W.png

hide all

  show sticks, byres d/67/

  orient (vis)

  png d67W.png